计算化学公社

标题: 关于dssp计算蛋白二级结构的问题 [打印本页]

作者
Author: xuxu 时间: 2023-4-17 16:30
标题: 关于dssp计算蛋白二级结构的问题
请问下各位老师，我的体系有100条氨基酸链，然后在用dssp计算蛋白二级结构时发现计算的每条链的两端都是coil，但实际轨迹中并不是这样的，这是不是dssp的bug呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 00:30
说明“实际轨迹中并不是这样”是怎么判断出来的
如果是比如VMD判断的，那是VMD调用stride程序用stride算法做的判断，和dssp算法不同
另外，本身有的区域的二级结构特征就不是很明确，不同判断算法，或者对不同的帧的结构做判断，都可能有所不同

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)