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标题: 怎么生成蒙脱石的力场文件itp [打印本页]

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-17 20:12
标题: 怎么生成蒙脱石的力场文件itp
各位老师好，我在做黏土对水合物的影响，想用蒙脱石，已经用MS建立好了pdb模型，想知道怎么生成蒙脱石的力场文件itp

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-17 21:08
我还以为你要发布蒙脱石力场文件，结果是来求力场文件。

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 00:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蒙脱石力场文件” 改了，以后务必注意

借助sobtop产生，参考比如里面的SiO2的例子
http://sobereva.com/soft/Sobtop

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-18 09:32

sobereva 发表于 2023-4-18 00:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的，谢谢各位老师，我尝试一下

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-18 16:52

slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

这个我输入pdb文件什么操作都没有，是要激活吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-18 17:08

wuxiaofei 发表于 2023-4-18 16:52
这个我输入pdb文件什么操作都没有，是要激活吗

蒙脱石不是晶体吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-18 17:10

wuxiaofei 发表于 2023-4-18 16:52
这个我输入pdb文件什么操作都没有，是要激活吗

晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-18 17:31

slxc920113 发表于 2023-4-18 17:10
晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

可以了，谢谢

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-18 22:14

slxc920113 发表于 2023-4-18 17:10
晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

这个网站的clayff力场不支持gromacs吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-19 13:16

wuxiaofei 发表于 2023-4-18 22:14
这个网站的clayff力场不支持gromacs吗

其实是支持的，可以用一个小技巧来实现，就是MOF/COF那个模块都是一代力场，里面也有ClayFF，同时也支持Gromacs输出，你在那儿上传cif，然后选择ClayFF就行

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-19 15:32

slxc920113 发表于 2023-4-19 13:16
其实是支持的，可以用一个小技巧来实现，就是MOF/COF那个模块都是一代力场，里面也有ClayFF，同时也支持G ...

原来如此，太谢谢了

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-4-19 17:25

slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

老师，您好。想生成黏土矿物的GROMACS格式的力场文件。按照您的说法在MOF界面处上传自己准备好的cif文件，但是一直没有显示出结构，也无法进行下一步，请问该怎样解决？

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-4-19 17:28

slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

我上传的CIF文件一共38个原子，小于1000

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-19 17:35

wo335979123 发表于 2023-4-19 17:25
老师，您好。想生成黏土矿物的GROMACS格式的力场文件。按照您的说法在MOF界面处上传自己准备好的cif文件 ...

cif文件发一下

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-4-19 20:28

slxc920113 发表于 2023-4-19 17:35
cif文件发一下

已上传，黏土

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-19 20:40

wo335979123 发表于 2023-4-19 20:28
已上传，黏土

K 0.00000 0.50000 0.50000
Al 0.50000 0.16670 0.00000
Si 0.41910 0.32800 0.26880
O1 0.34870 0.31000 0.10630
O2 0.49840 0.50000 0.31310
O3 0.67150 0.22460 0.33500
O-H 0.41910 0.00000 0.10060

复制代码

cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-4-19 22:17

slxc920113 发表于 2023-4-19 20:40
cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

非常感谢老师，这个工具非常好用，已推荐给课题组

作者
Author: lyy043 时间: 2023-5-15 10:21

slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

请问老师，您的这个工具可以生成有机分子晶体的CHARMM力场文件吗，我按要求上传后没反应

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 11:01

lyy043 发表于 2023-5-15 10:21
请问老师，您的这个工具可以生成有机分子晶体的CHARMM力场文件吗，我按要求上传后没反应

CHARMM力场不适合有机小分子，得用CGenFF，而且用晶体的话没办法给你生成高精度的电荷。上传没反应估计是你的cif文件不规范或者不干净，可以用VESTA转成vasp的格式再试试。

作者
Author: lyy043 时间: 2023-5-15 11:16

slxc920113 发表于 2023-5-15 11:01
CHARMM力场不适合有机小分子，得用CGenFF，而且用晶体的话没办法给你生成高精度的电荷。上传没反应估计是 ...

非常感谢老师的回答，我试试

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 11:30

lyy043 发表于 2023-5-15 11:16
非常感谢老师的回答，我试试

在MOF/COF模块内上传，只有那儿支持有机晶体，并且有QEq模型可以算电荷。

作者
Author: lyy043 时间: 2023-5-15 14:36

slxc920113 发表于 2023-5-15 11:30
在MOF/COF模块内上传，只有那儿支持有机晶体，并且有QEq模型可以算电荷。

谢谢老师，我是刚开始接触分子力学这块，我研究的是炸药有机分子晶体CL20，在选择电荷模型时，我该选择哪种QEq模型，还有最后一步生成文件时的，x y z该如何填写，当我生成GROMACS或CHARMM软件时的，我该如何转化成适合NAMD软件的，再次感谢老师的帮助

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 16:04

lyy043 发表于 2023-5-15 14:36
谢谢老师，我是刚开始接触分子力学这块，我研究的是炸药有机分子晶体CL20，在选择电荷模型时，我该选择哪 ...

研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHARMM差不多，未来会直接支持，现在得手动修改。

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-5-15 16:15

slxc920113 发表于 2023-4-19 20:40
cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步的问题，这是力场不支持该结构的问题吗？还是有别的问题.

作者
Author: lyy043 时间: 2023-5-15 16:23

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:04
研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHAR ...

好的，非常感谢您

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 16:32

wo335979123 发表于 2023-5-15 16:15
老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步 ...

说明有元素是这个力场所不支持的，可以通过选择多个力场进行杂化来尝试完全匹配。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 16:33

wo335979123 发表于 2023-5-15 16:15
老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步 ...

比如UFF力场

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-15 16:43
如下图所示

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-5-15 21:16

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:43
如下图所示

非常感谢

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-5-16 20:18
本帖最后由萌新杨同学于 2023-5-16 20:23 编辑

Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,2004)以及modified Clayff(Ferrage et al,2011,JPC-C)和Clayff-MOH（对粘土矿物边缘的羧基加键角项）（Pouvreau,2019,JPC）,如果你是用来描述无限大蒙脱石晶片，Cygan2004的原始版本Clayff就足矣
BTW:我认为你直接用MS手搓montmorillonite晶片也是不恰当的，你在考虑同晶置换时是否是随机的？是否符合avoidance rule即不能有两个同晶置换的金属离子相临近?正确的做法是先找到叶腊石pyrophyllite的pdb文件，然后超晶胞，然后在TOT的铝八面体层或硅四面体层去随机的同晶置换。

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-5-17 14:45

萌新杨同学发表于 2023-5-16 20:18
Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,20 ...

谢谢

作者
Author: wo335979123 时间: 2023-5-17 15:30

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:43
如下图所示

老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many LINCS warnings报错，看报错信息是生成的结构键长键角的问题，请问该怎样解决？麻烦老师了

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-17 15:44

wo335979123 发表于 2023-5-17 15:30
老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many ...

把二面角的参数都删了试试，一般晶体不需要二面角，维持刚性就行了。

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-5-17 16:08

wo335979123 发表于 2023-5-17 15:30
老师，我尝试您说的方法，生成了蒙脱石的itp及pdb文件用来做下一步计算，但是在能量最小化时出现Too many ...

也可能是键角的原因，原来UFF力场因为在Lammps中生成的angle参数类型太多，聚合物可能会有几千种不同的angle，但是实际键角都在120度和109.5度附近波动，所以做了一些归一处理，比如118°近似到120°，我不知道这套逻辑在晶体环境下会带来问题，刚才已经放开这个限制了。

作者
Author: lyy043 时间: 2023-5-30 15:52

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:04
研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHAR ...

老师，我在使用autoff时，最后一步生成文件时的，x y z该如何填写？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-1 08:40

lyy043 发表于 2023-5-30 15:52
老师，我在使用autoff时，最后一步生成文件时的，x y z该如何填写？

扩胞，你自己想要扩多大就扩大

作者
Author: lyy043 时间: 2023-6-15 16:32

slxc920113 发表于 2023-6-1 08:40
扩胞，你自己想要扩多大就扩大

明白了，非常感谢老师

作者
Author: mol 时间: 2023-9-26 22:02

萌新杨同学发表于 2023-5-16 20:18
Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom可以生成基于original Clayff (Cygan,20 ...

您好，请教下如果要模拟一个蒙脱石的颗粒，那表面的悬挂键应该怎么处理呢？补羟基吗？

作者
Author: 萌新杨同学 时间: 2023-11-9 16:16

mol 发表于 2023-9-26 22:02
您好，请教下如果要模拟一个蒙脱石的颗粒，那表面的悬挂键应该怎么处理呢？补羟基吗？

可以看Princeton的Ian Bourg教授的文章，他们提出了模拟晶片边缘的方法

作者
Author: mol 时间: 2023-11-10 14:56

萌新杨同学发表于 2023-11-9 16:16
可以看Princeton的Ian Bourg教授的文章，他们提出了模拟晶片边缘的方法

谢谢指点

作者
Author: 阿di达思 时间: 2023-11-13 15:03

slxc920113 发表于 2023-4-19 13:16
其实是支持的，可以用一个小技巧来实现，就是MOF/COF那个模块都是一代力场，里面也有ClayFF，同时也支持G ...

感谢

作者
Author: ZZH0711 时间: 2025-2-11 22:18
本帖最后由 ZZH0711 于 2025-2-14 09:46 编辑

slxc920113 发表于 2023-4-19 17:35
cif文件发一下

该问题已解决

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-3-6 11:16
钠基蒙脱石在sobtop里没办法生成top文件，图中给的信息是其中有些原子和离子没有办法识别，该怎么解决呢？

作者
Author: 吆西西 时间: 2025-4-14 17:20
请问生成了吗？可以借鉴一下吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)