计算化学公社

标题: 用aNCI法研究弱相互作用时，力场用的联合原子模型，如何设置元素？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-18 14:35
标题: 用aNCI法研究弱相互作用时，力场用的联合原子模型，如何设置元素？
各位老师好，

我在做的苯酚在乙醇溶液中的体系，其中乙醇用的TraPPE-UA联合原子力场模型，想用aNCI分析法研究苯酚-乙醇间弱相互作用

想请问对于联合原子力场模型，如甲基基团如何设置元素名

谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 15:33
Multiwfn做aNCI分析必须用全原子力场，下文的例子也一律都是如此
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

对乙醇毫无必要用TraPPE-UA，直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建基于GAFF的乙醇的拓扑文件多好

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-18 15:59
本帖最后由高处裹棉被于 2023-4-18 16:23 编辑

sobereva 发表于 2023-4-18 15:33
Multiwfn做aNCI分析必须用全原子力场，下文的例子也一律都是如此
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过 ...

谢谢sob老师解答，因为模拟环境在超临界条件下，可能用GAFF力场无法精准描述，这样的话是只能放弃aNCI了，想请问这种条件下还有别的分子间弱相互作用的分析方法能尝试吗？比如空间分布函数？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 17:31

高处裹棉被发表于 2023-4-18 15:59
谢谢sob老师解答，因为模拟环境在超临界条件下，可能用GAFF力场无法精准描述，这样的话是只能放弃aNCI了 ...

全原子力场模型不可能原理上不能描述超临界环境，只不过是具体参数问题而已。倘若都没测试过GAFF+RESP2(0.5)电荷，不要先咬定不能描述
另外，由于能形成氢键的氢在联合原子力场下照样被描述，用aNCI如果只关注氢键部分倒也可以。
用空间分布函数之类虽然可以，按提供不了aNCI才能提供的信息。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-18 20:28

sobereva 发表于 2023-4-18 17:31
全原子力场模型不可能原理上不能描述超临界环境，只不过是具体参数问题而已。倘若都没测试过GAFF+RESP2(0 ...

谢谢sob老师回答

如果在联合原子力场下用aNCI只关注氢键部分的话，意味着我获得xyz轨迹文件时只用VMD选取苯酚分子+乙醇羟基上的氧原子和氢原子，并保存为xyz文件即可？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-19 04:29

高处裹棉被发表于 2023-4-18 20:28
谢谢sob老师回答

如果在联合原子力场下用aNCI只关注氢键部分的话，意味着我获得xyz轨迹文件时只用VMD ...

全都选

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Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-20 01:10

sobereva 发表于 2023-4-19 04:29
全都选

谢谢sob老师解答，这样的意思就是联合原子模型下全选所有原子，但如甲基基团的元素直接设置为碳元素？随后aNCI只关注氢键部分是吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 04:36

高处裹棉被发表于 2023-4-20 01:10
谢谢sob老师解答，这样的意思就是联合原子模型下全选所有原子，但如甲基基团的元素直接设置为碳元素？随 ...

用联合原子非常尴尬，无论设什么元素原理上都不合理，只能瞎凑合，并且假定联合原子对形成氢键的部分没什么影响。

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