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标题: acpype产生amber2力场拓扑文件时“dict_keys object is not subscriptable”错误 [打印本页]

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Author: zmn 时间: 2023-4-18 17:41
标题: acpype产生amber2力场拓扑文件时“dict_keys object is not subscriptable”错误
本帖最后由 zmn 于 2023-4-18 18:18 编辑

DEBUG: readMol2TotalCharge: 0.0
DEBUG: Net charge drift '0.000000'
==> ... charge set to 0
==> Executing Antechamber...
==> Debugging...
DEBUG: /public/home/gauss/software/amber18/bin/antechamber -i 1.mol2 -fi mol2 -o 1_user_amber2.mol2 -fo mol2  -nc 0 -m 1 -s 2 -df 2 -at amber -pf n
==> AC output file present... doing nothing
==> * Antechamber OK *
ACPYPE FAILED: 'dict_keys' object is not subscriptable
  File "./acpype.py", line 3568, in <module>
molecule.createACTopol()
  File "./acpype.py", line 1226, in createACTopol
if self.execTleap():
  File "./acpype.py", line 1075, in execTleap
if self.execParmchk():
  File "./acpype.py", line 1148, in execParmchk
parmGaffFile = parmMerge(parmfile, gaffFile)
  File "./acpype.py", line 485, in parmMerge
for k in dat1.keys()[:8]:
Total time of execution: less than a second
使用./acpype.py -i 1.mol2 -a amber2 -c user生成amber2力场的拓扑文件，但是报错显示“ACPYPE FAILED: 'dict_keys' object is not subscriptable”，输入antechamber是能正常启动相应程序的。

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Author: sobereva 时间: 2023-4-19 00:44
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就完了，没有acpype那么多乱七八糟的毛病，比acpype强大好用灵活得多。acpype可以弃了

作者
Author: zmn 时间: 2023-4-19 10:42

sobereva 发表于 2023-4-19 00:44
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）就完了，没有acpype那么多乱七八糟的毛病，比acpype强大好用 ...

谢谢老师的回复，但是我们需要用amber2力场，请问老师还有其他方法吗？

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Author: sobereva 时间: 2023-4-20 04:25

zmn 发表于 2023-4-19 10:42
谢谢老师的回复，但是我们需要用amber2力场，请问老师还有其他方法吗？

根本就没有叫AMBER2的力场

倘若你指GAFF2，自行把Ambertools里带的gaff2.dat里的参数弄到sobtop的bonded_param.dat和LJ_param.dat里就完了

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Author: Yoghurt 时间: 2023-4-20 08:54

sobereva 发表于 2023-4-20 04:25
根本就没有叫AMBER2的力场

倘若你指GAFF2，自行把Ambertools里带的gaff2.dat里的参数弄到sobtop的bond ...

他指的应该是acpype中的AMBER14SB+GAFF2。
acpype -i ... -a ...
-a {gaff,amber,gaff2,amber2}, --atom_type {gaff,amber,gaff2,amber2}
atom type, can be gaff, gaff2, amber (AMBER14SB) or
amber2 (AMBER14SB + GAFF2), default is gaff

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