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标题: CP2K_NMR计算_CPASSERT failed_还算凑合的解决方案 [打印本页]

作者
Author: IvanSimth 时间: 2023-4-18 21:16
标题: CP2K_NMR计算_CPASSERT failed_还算凑合的解决方案
CP2K_NMR计算崩溃，目前尝试就是虚拟机环境导致的问题。
虚拟机内CP2K安装显示正确。
换了一个虚拟机系统就好了。
崩溃版本：ubuntu-20.04.2.0-desktop-amd64.iso
可行版本：CentOS-Stream-8-20230330.0-x86_64-dvd1.iso

LINRES| Writing response functions to the restart file <mp-696123-1-RESTART-nmr_dxp-3.lr>

               *** Start NMR Chemical Shift Calculation ***

      Inizialization of the NMR environment

NMR| Shift gapw radius (a.u.)                                  1.133836E+02
NMR| Shift factor (ppm)                                        7.864471E-03
NMR| Shift factor gapw (ppm)                                     5.325134E+01
NMR| Chi factor (SI)                                           1.972757E+01
NMR| Conversion Chi (ppm/cgs)                                  6.022045E-02
NMR| Conversion Chi to Shift                                     8.349380E-04
NMR| Shielding tensor computed for                                  16 atoms
Integrated j_xx(r): G-space=  0.1999276819901625E+03 R-space=  0.1999276819901625E+03

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                            CPASSERT failed                         *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                        pw/realspace_grid_types.F:2012 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         6 rs_grid_create
         5 calculate_jrho_resp
         4 current_build_current
         3 linres_calculation_low
         2 linres_calculation
         1 CP2K

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-8-8 18:58
本帖最后由 sigma-jlu 于 2023-8-8 19:00 编辑

仅仅更换虚拟系统就解决问题，听起来有些莫名其妙，输入输出文件能否贴一下？
我也碰到benchmark的水例子跑nmr没问题，但更换一个无机体系，跑4小时后发现这个错误，

               *** Start NMR Chemical Shift Calculation ***

      Inizialization of the NMR environment

NMR| Shift gapw radius (a.u.)                                  1.133836E+02
NMR| Shift factor (ppm)                                        2.606957E-02
NMR| Shift factor gapw (ppm)                                     5.325134E+01
NMR| Chi factor (SI)                                           1.972757E+01
NMR| Conversion Chi (ppm/cgs)                                  6.022045E-02
NMR| Conversion Chi to Shift                                     2.767697E-03
NMR| Shielding tensor computed for                                  30 atoms

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                            CPASSERT failed                         *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                              qs_linres_current.F:1324 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         6 calculate_jrho_resp
         5 current_build_current
         4 linres_calculation_low
         3 qs_energies_properties
         2 qs_energies
         1 CP2K

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-8-8 19:01
如果哪位朋友方便，请帮忙看看在其他某个系统上是否避免这个错误出现？多谢。

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-8-8 19:11
按说，相同git版本号的cp2k，不大可能出现明显的差异。
刚想到一个可能性，centOS对系统内存的使用比较精简，而ubuntu系统本身内存占用较大，而你的16原子体系恰好需要的内存在二者可用内存之间的gap。

作者
Author: sigma-jlu 时间: 2023-8-10 18:31

sigma-jlu 发表于 2023-8-8 18:58
仅仅更换虚拟系统就解决问题，听起来有些莫名其妙，输入输出文件能否贴一下？
我也碰到benchmark的水例子 ...

经过排查，已找到这个inp中current字段的几个问题，debug后nmr计算正常结束并输出chi与shielding张量：
1、第191行，gauge最好用R_AND_STEP_FUNCTION；
2、第192行，ORBITAL_CENTER由common变为所有原子核坐标的平均中心；
3、第196行，INTERPOLATE_SHIFT T可以删除；
4、在current字段中，最好插入ORBITAL_CENTER WANNIER.

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-11-30 14:33
请问计算NMR屏蔽常数是否要开启DFT- D3（BJ）校正

谢谢

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