计算化学公社

标题: 蛋白质--多肽模拟中的色散校正问题 [打印本页]

作者
Author: Little-LL 时间: 2023-4-19 11:19
标题: 蛋白质--多肽模拟中的色散校正问题
老师您好，我在做蛋白--多肽模拟的时候没加色散校正，请问对结果的影响会很大吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-19 11:48
力场里的LJ不是用来描述色散的？

作者
Author: Little-LL 时间: 2023-4-19 12:43
我是第一次接触MD模拟，很多东西还不了解，那请问我的mdp文件中设置的是DispCorr = no，这样对结果影响大吗？我是用的gromacs做的

作者
Author: k64_cc 时间: 2023-4-19 14:07
如果要算自由能一类的东西，且在NPT下做，那影响大。

如果只是想看动画，或者只是做了NVT，那可以不管。

作者
Author: Little-LL 时间: 2023-4-19 14:40

k64_cc 发表于 2023-4-19 14:07
如果要算自由能一类的东西，且在NPT下做，那影响大。

如果只是想看动画，或者只是做了NVT，那可以不管。

那请问做蛋白这一类的大分子模拟，是必须要加上色散校正吗（特殊说明的力场除外）

作者
Author: Little-LL 时间: 2023-4-19 15:28
还有个问题，在做蛋白-多肽模拟时，当DispCorr = no时，体系的稳定性和结合力都比DispCorr=EnerPres时要好，这种情况应该怎么办呢（力场使用的是amber力场）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 04:51

Little-LL 发表于 2023-4-19 14:40
那请问做蛋白这一类的大分子模拟，是必须要加上色散校正吗（特殊说明的力场除外）

先自觉说清楚研究目的

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