计算化学公社

标题: 求助，MCPB.py第一步出现问题 [打印本页]

作者
Author: 陈丢丢 时间: 2023-4-19 15:27
标题: 求助，MCPB.py第一步出现问题
各位老师好，我在用MCPB.py程序进行第一步操作（生成small和large model）的时候出现如下报错：
***Creating the small model...
It contains the residue 155-HID as sidechain coordinated.
It contains the residue 157-ASP as sidechain coordinated.
It contains the residue 246-HID as sidechain coordinated.
It contains the residue 274-CU as normal.
It contains the residue 275-SUB as normal.
Totally there are 67 atoms in the small model.
Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/apps/amber20cpu/bin/MCPB.py", line 643, in <module>
gene_model_files(orpdbf, ionids, addres, addbpairs, gname, ff_choice,
  File "/public/software/apps/amber20cpu/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1902, in gene_model_files
build_small_model(mol, reslist, ionids, cutoff, smresids, smresace, smresnme,
  File "/public/software/apps/amber20cpu/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1380, in build_small_model
AtNum = Atnum[gatm.element]
KeyError: '1'

我相应的in文件是：
software_version  g16
original_pdb 3w21-sub.pdb
group_name 3w21_SUB
cut_off  2.8
ion_ids  4236
ion_mol2files  CU.mol2
naa_mol2files SUB.mol2
frcmod_files SUB.frcmod
large_opt 1

我的目的是想把SUB这个非标准残基也加入到small model中进行计算，但一直报错，有老师遇到过这样的错误嘛？

作者
Author: casea 时间: 2023-4-19 15:55
看报错，可能是原子名有问题，建议检查一下小分子的命名

提示：非标准残基的mol2文件名应该与其在 PDB 文件中的残基名称相同（字母和大写），后缀为“.mol2”以用于 MCPB.py建模

作者
Author: 陈丢丢 时间: 2023-4-22 13:55

casea 发表于 2023-4-19 15:55
看报错，可能是原子名有问题，建议检查一下小分子的命名

谢谢，是原子序号问题，已解决！

作者
Author: 1009836241 时间: 2023-12-31 20:17

陈丢丢发表于 2023-4-22 13:55
谢谢，是原子序号问题，已解决！

你好我也出了和你一样的错误请问一下你所说的原子序号是指配体mol2文件中的原子序号改为总pdb文件中对应的序号吗？谢谢啦

作者
Author: LDCJJJ 时间: 2024-1-6 13:05
请问您具体是哪里出错了？我也是报错KeyError： '1'

作者
Author: LDCJJJ 时间: 2024-1-6 13:16

1009836241 发表于 2023-12-31 20:17
你好我也出了和你一样的错误请问一下你所说的原子序号是指配体mol2文件中的原子序号改为总pdb文件中对 ...

老哥解决了吗？

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