计算化学公社

标题: gmx rdf可以计算局部质心之间的径向分布函数吗？ [打印本页]

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-4-19 16:55
标题: gmx rdf可以计算局部质心之间的径向分布函数吗？
各位老师好，我想通过gromacs计算类似下图选中的芳环质心的径向分布函数，可以通过gmx rdf实现吗？我知道gmx rdf加上-seltype mol_com可以计算整个分子质心的rdf，-seltype中有类似这种计算局部质心的选项吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 04:57
如果体系里就一个这种分子，选择语句里根据原子名或原子序号选中那部分就行

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-4-20 08:49

sobereva 发表于 2023-4-20 04:57
如果体系里就一个这种分子，选择语句里根据原子名或原子序号选中那部分就行

如果有很多个这种分子，是不是就没法计算了？

作者
Author: danyj 时间: 2023-4-20 09:20
itp里面单独编辑成一个残基

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-21 03:05

xinyanli 发表于 2023-4-20 08:49
如果有很多个这种分子，是不是就没法计算了？

一种是4L的方法，结合res_com
另一种是自己写个脚本，循环调用gmx rdf计算各个分子的那个部分，最后把rdf取平均

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-4-21 08:57

danyj 发表于 2023-4-20 09:20
itp里面单独编辑成一个残基

好的，谢谢

作者
Author: xinyanli 时间: 2023-4-21 08:57

sobereva 发表于 2023-4-21 03:05
一种是4L的方法，结合res_com
另一种是自己写个脚本，循环调用gmx rdf计算各个分子的那个部分，最后把rd ...

好的，谢谢

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2023-9-15 09:51

danyj 发表于 2023-4-20 09:20
itp里面单独编辑成一个残基

您好，我想问一下单独把芳香环编辑成一个残基要怎么操作呀，哪里有教程之类的嘛，感谢

作者
Author: danyj 时间: 2023-10-10 16:23

chuxuedexiaobai 发表于 2023-9-15 09:51
您好，我想问一下单独把芳香环编辑成一个残基要怎么操作呀，哪里有教程之类的嘛，感谢

把itp里对应原子的残基名手动改一下，之后重新生成下gro和tpr就可以拿去算rdf了

作者
Author: xieliqiang 时间: 2024-1-21 15:48
gmx rdf -f trajout.xtc -s md2.tpr -n index.ndx -ref 'com of group 1’ -sel 'com of group 2 -selrpos whole_mol_com -bin 0.03
可以么

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