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标题: GKS-EDA能量分解出错ERROR *** ATTEMPTING A BOGUS READ OF A DAF RECORD [打印本页]
作者
Author: 小新人    时间: 2023-4-19 18:20
标题: GKS-EDA能量分解出错ERROR *** ATTEMPTING A BOGUS READ OF A DAF RECORD
使用Gamess进行GKS-EDA进行能量分解出错，尝试过修改内存，结果还是出错，想请教一下各位老师这个问题如何解决，谢谢各位老师！报错：ERROR *** ATTEMPTING A BOGUS READ OF A DAF RECORD.
RECORD NUMBER   12 OF LENGTH         0 HAS NO LENGTH.

THIS ERROR IS LIKELY TO BE A BUG IN THE PROGRAM, BUT
PLEASE CONSIDER INPUT ERRORS AS A POSSIBLE CAUSE, TOO.
MANUAL CHAPTER -PROG.DOC- HAS A LIST OF ALL DIRECT ACCESS FILE RECORD NUMBERS,
WHICH WILL HELP YOU UNDERSTAND WHAT THE INCORRECT DATA IS SUPPOSED TO BE.
输入文件如下：













作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-4-20 16:00
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-4-20 16:02 编辑

建议使用frag_guess_wfn小程序自动生成GKS-EDA输入文件，以PBE0泛函、def2TZVP基组为例，写个gjf文件内容为
  1. %mem=200GB
  2. %nprocshared=48
  3. #p PBE1PBE/def2TZVP guess(fragment=2)

  5. {gks}

  7. 0 1 0 1 0 1
  8. Hg(fragment=1)              0.941788    0.000214   -0.151178
  9. N(fragment=1)             -1.603807   -0.000044   -0.026750
  10. C(fragment=1)             -2.275882    1.147038   -0.016040
  11. C(fragment=1)             -2.275762   -1.147202   -0.016670
  12. C(fragment=1)             -3.660146    1.194247    0.013284
  13. C(fragment=1)             -3.660021   -1.194575    0.012626
  14. C(fragment=1)             -4.363440   -0.000205    0.028903
  15. H(fragment=1)             -1.669885    2.048531   -0.038959
  16. H(fragment=1)             -1.669672   -2.048619   -0.040083
  17. H(fragment=1)             -4.170907    2.149188    0.019369
  18. H(fragment=1)             -4.170682   -2.149573    0.018182
  19. H(fragment=1)             -5.447422   -0.000268    0.049565
  20. Cl(fragment=1)              1.161672    2.313704   -0.382594
  21. Cl(fragment=1)              1.162175   -2.313183   -0.383673
  22. N(fragment=2)              1.085235   -0.001901    2.412669
  23. H(fragment=2)              1.581762    0.821864    2.727331
  24. H(fragment=2)              1.577771   -0.829024    2.724812
  25. H(fragment=2)              0.162098   -0.000280    2.826524
复制代码
提交当前节点
  1. frag_guess_wfn HgPyCl2-NH3.gjf >HgPyCl2-NH3.out 2>&1
复制代码
若提交至集群队列，把上述命令写进你的提交脚本里就行。仅需90s，极速算完，内含坐标、基组、关键词和轨道信息，直接提交XEDA做GKS-EDA计算即可。frag_guess_wfn小程序开源、免费，有预编译版可用
https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/blob/master/README_zh.md
https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... want-frag_guess_wfn

作者
Author: 小新人    时间: 2023-4-21 08:58
zjxitcc 发表于 2023-4-20 16:00
建议使用frag_guess_wfn小程序自动生成GKS-EDA输入文件，以PBE0泛函、def2TZVP基组为例，写个gjf文件内容为 ...

好的老师，谢谢老师，我学一下这小程序。
作者
Author: 小新人    时间: 2023-4-21 10:52
zjxitcc 发表于 2023-4-20 16:00
建议使用frag_guess_wfn小程序自动生成GKS-EDA输入文件，以PBE0泛函、def2TZVP基组为例，写个gjf文件内容为 ...

老师，我仔细阅读了程序安装的要求，Windows系统安装，从2.1章节里下载了安装包，按照2.1中的步骤来操作，不知道哪里出现了问题，一直安装不上，想问一下老师这是什么原因造成的？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-4-21 11:10
小新人 发表于 2023-4-21 10:52
老师，我仔细阅读了程序安装的要求，Windows系统安装，从2.1章节里下载了安装包，按照2.1中的步骤来操作 ...

那个版本太旧了，建议下载Linux预编译版（https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... ables-and-libraries），到Linux下使用，比较高效，而且版本新 bug少。
作者
Author: 小新人    时间: 2023-4-21 14:34
zjxitcc 发表于 2023-4-21 11:10
那个版本太旧了，建议下载Linux预编译版（https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... ables-and-libraries） ...

好的老师，谢谢老师！



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