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标题: 关于晶体计算紫外可见光谱时的隐式溶剂模型应当如何选择 [打印本页]

作者
Author: ppy412 时间: 2023-4-19 18:36
标题: 关于晶体计算紫外可见光谱时的隐式溶剂模型应当如何选择
各位老师好，我在用Gaussian软件进行TDDFT计算，选取的是晶体的一个不对称单元，晶体溶解时使用的是DMF和水进行1:1混合，但是不知道形成晶体环境之后，周围还是否存在DMF和水了，所以我有如下的几个问题:
①需要使用隐式溶剂模型吗？(目前用的是scrf(smd,solvent=water))
②如果使用隐式溶剂模型，应该在明尼苏达的表里找到水和DMF的eps和epsinf，然后用scrf(smd,read,solvent=generic)？
③看了Sob老师的博文《基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱》，我如果用这种方法，需要加隐式溶剂模型吗？
谢谢老师指点。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-19 20:17
你有XRD晶体结构吗？如果有，从晶体结构cif文件就知道有几个DMF几个水（即使溶剂是无序的，也可以通过分析无序区有多少个电子，来估计有几个溶剂分子）；如果没有，那么建议做一个元素分析，或者溶在一个不是DMF、能和水混溶且严格干燥过的氘代溶剂里打核磁，确定有几个DMF几个水。如果连这些实验都没法做，那么可以按http://sobereva.com/327的方法定义DMF:水=1:1混合溶剂，或者找一个跟晶体本身类似的溶剂然后定义三元混合溶剂，但结果肯定会相对不那么可靠。

作者
Author: ppy412 时间: 2023-4-19 20:36
您好，首先非常感谢您的回复，我们组有该晶体进行XRD之后的cif文件，里面截取不对称单元之后周围有一个水分子，没有DMF，那么请问我需要设置隐式溶剂模型也是只含水吗？还是也需要考虑DMF呢？亦或是把水分子画在Gaussview模型上，不加隐式溶剂模型呢？谢谢您的回答。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 05:19

ppy412 发表于 2023-4-19 20:36
您好，首先非常感谢您的回复，我们组有该晶体进行XRD之后的cif文件，里面截取不对称单元之后周围有一个水分 ...

既然晶体结构里都没DMF了，自然计算时候也没DMF的事

已知存在的水应当作为显式水存在于计算模型里。

如果按下文来算，不需要加隐式溶剂模型
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

作者
Author: ppy412 时间: 2023-4-20 07:12

sobereva 发表于 2023-4-20 05:19
既然晶体结构里都没DMF了，自然计算时候也没DMF的事

已知存在的水应当作为显式水存在于计算模型里。

非常感谢老师的回复，如果不考虑背景电荷的话，是不是也不需要加隐式溶剂模型，只需要加显式的就可以了？谢谢老师的回复。

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