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标题: 求助gamess能量分解输入文件的格式 [打印本页]
作者
Author: 小靖靖    时间: 2023-4-20 10:38
标题: 求助gamess能量分解输入文件的格式
请问各位老师，用GAMESS做GKS-EDA的时候，我的分子里面有一个Au原子，三个I原子，采用def2-tzvp基组，这四个原子都需要赝势，在输入文件中该怎么输入呀？我把Au放在第一个，三个I放在后面，三个I的赝势罗列在后面，这种输入就算不出来，想问问有多个原子需要输入赝势的时候该怎么输入呀？下面是我的输入文件和输出文件，请各位老师指点一下，谢谢老师
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-4-20 14:01
注意，GAMESS内置的PBE0泛函的D3参数是错的（我2022年8月发邮件给GAMESS的，不知道他们啥时候会修改）。另外，这么写基组和赝势太累了。用frag_guess_wfn小程序可完全解决这些问题，写个gjf，内容如下
  1. %mem=200GB
  2. %nprocshared=48
  3. #p PBE1PBE/def2TZVP guess(fragment=2) em=GD3

  5. {gks}

  7. 0 1 0 1 0 1
  8. Au(fragment=1)       0.714475   -0.000143   -0.021531
  9. N(fragment=1)      -1.343077   -0.002766    0.033848
  10. C(fragment=1)      -2.489765   -0.003016    0.008179
  11. C(fragment=1)      -3.897839   -0.002658   -0.022885
  12. C(fragment=1)      -4.599884    1.207920   -0.044536
  13. C(fragment=1)      -5.972907    1.207172   -0.080566
  14. C(fragment=1)      -5.974139   -1.210602   -0.074970
  15. C(fragment=1)      -4.601104   -1.212588   -0.038964
  16. H(fragment=1)      -4.053894    2.143704   -0.035768
  17. H(fragment=1)      -6.511552    2.148127   -0.096340
  18. H(fragment=1)      -6.513749   -2.151067   -0.086354
  19. H(fragment=1)      -4.056107   -2.148900   -0.025891
  20. C(fragment=1)      -6.688491   -0.001397   -0.097280
  21. N(fragment=1)      -8.047794   -0.000699   -0.100731
  22. H(fragment=1)      -8.539900   -0.853156   -0.297766
  23. H(fragment=1)      -8.539005    0.851361   -0.301684
  24. I(fragment=1)       0.661624   -2.653025   -0.103546
  25. I(fragment=1)       3.282609    0.003648   -0.240243
  26. I(fragment=1)       0.653485    2.652626   -0.101640
  27. N(fragment=2)       0.884873   -0.003448    2.771165
  28. H(fragment=2)       0.536683   -0.825230    3.248235
  29. H(fragment=2)       1.895922   -0.009039    2.833086
  30. H(fragment=2)       0.545813    0.822677    3.247323
复制代码
提交
  1. frag_guess_wfn 15.gjf >15.out 2>&1 &
复制代码
不到4 min便可算完，获得15.inp文件，里面坐标、基组、关键词（正确的D3参数）、轨道信息全都写好了。


作者
Author: 小靖靖    时间: 2023-4-20 15:08
zjxitcc 发表于 2023-4-20 14:01
注意，GAMESS内置的PBE0泛函的D3参数是错的（我2022年8月发邮件给GAMESS的，不知道他们啥时候会修改）。另 ...

非常感谢老师的指点，老师，我还想问一下，我这个输入文件除了D3错误以外，关于赝势还有其他，还有别的错误嘛？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2023-4-20 15:18
小靖靖 发表于 2023-4-20 15:08
非常感谢老师的指点，老师，我还想问一下，我这个输入文件除了D3错误以外，关于赝势还有其他，还有别的错 ...

我不会手写GKS-EDA输入文件和用$basis自定义基组（是真不懂的意思），我自己平时都是用frag_guess_wfn生成能量分解的输入文件的。
作者
Author: 小靖靖    时间: 2023-4-20 15:19
zjxitcc 发表于 2023-4-20 14:01
注意，GAMESS内置的PBE0泛函的D3参数是错的（我2022年8月发邮件给GAMESS的，不知道他们啥时候会修改）。另 ...

  ECP POTENTIALS
          --------------
**** ERROR READING VARIABLE IZCORE   CHECK COLUMN 14
  4     ----- f-ul potential -----                                               
....V....1....V....2....V....3....V....4....V....5....V....6....V....7....V....8
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 15:14:04 20-APR-2023   
老师好，我这个out文件这样报错是不是我的赝势有问题呀？



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