计算化学公社

标题: 求助关于计算一个笼内分子旋转能垒的计算问题 [打印本页]

作者
Author: LIR1 时间: 2023-4-20 12:02
标题: 求助关于计算一个笼内分子旋转能垒的计算问题
老师好，请问应该怎样计算一个笼子中分子的旋转能垒呀。就类似于计算C24笼中的PO4（图一）的旋转能垒。怎样输入才能让PO4绕固定轴旋转呀。看了sob老师的详谈使用Gaussian做势能面扫描 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)这个帖子后，也没有看懂。谢谢老师！ (, 下载次数 Times of downloads: 3)
图一

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-20 16:07
但凡说某篇文章没看懂，一定要详细指出哪几句话没有看懂，不然别人没法指导你。
你这么想，假如你单是说你没有看懂，什么额外信息也不给，别人就能把你讲懂，那sob老师为什么不一开始就把这些讲的内容写到博文里去？sob老师之所以博文没有写得比现在更详细，就是因为读者必须给出具体的反馈，他才能做更详细的补充。

作者
Author: LIR1 时间: 2023-4-20 17:33

wzkchem5 发表于 2023-4-20 16:07
但凡说某篇文章没看懂，一定要详细指出哪几句话没有看懂，不然别人没法指导你。
你这么想，假如你单是说你 ...

不好意思老师！您说了之后我又仔细去读了这篇博文，看完之后之前不理解的地方就理解了，我现在正在尝试重复博文上的作法。如果还有问题，再仔细的描述来问您！谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 18:25
你的图中是PH4不是PO4

单纯对于找过渡态的问题，你可以用下文的genmer给你随机产生一批PO4在笼里处于各个朝向的初始结构，然后用Gaussian做opt=TS的方式批量搜索过渡态，总能有几个能给你优化到过渡态去，之后再跑IRC，得到与之相连的复合物极小点结构，再优化极小点，然后算势垒就完了
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作者
Author: LIR1 时间: 2023-4-20 19:06

sobereva 发表于 2023-4-20 18:25
你的图中是PH4不是PO4

单纯对于找过渡态的问题，你可以用下文的genmer给你随机产生一批PO4在笼里处于各 ...

是PH4

好的老师！谢谢您！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)