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标题: 能量最小化过程显示itp文件存在error“No default Proper Dih. types”请问如何解决？ [打印本页]

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Author: sd6512066 时间: 2023-4-20 13:22
标题: 能量最小化过程显示itp文件存在error“No default Proper Dih. types”请问如何解决？
本帖最后由 sd6512066 于 2023-4-20 14:38 编辑

我的配体获得过程跟教程Protein-Ligand Complex (mdtutorials.com)保持一致，是从在pdb库中某个物质分离得到的glc.pdb，按照教程对其加氢后得到mol2文件，然后在CGenFF Contact Us (umaryland.edu)转化为str格式后进行溶剂化，随后的能量最小化过程则弹出了14条“No default Proper Dih. types”，但对应的line是完整的参数，起初以为是物质结构存在问题所以换了个物质重新分离得到glc.pdb，但后续结果还是一样，求解答！
上传的文件是报错文件以及对应的itp文件，谢谢大家
补充：所使用的版本是gromacs2016.4 力场charmm36-mar2019

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Author: sobereva 时间: 2023-4-20 18:26
提问时把文件给全了，连极其关键的top文件都没给

大概率是提示的那几个二面角的参数在力场文件里没定义。如果检查后发现是如此，想办法自己补。更推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-4-20 20:10

sobereva 发表于 2023-4-20 18:26
提问时把文件给全了，连极其关键的top文件都没给

大概率是提示的那几个二面角的参数在力场文件里没定义 ...

好的好的感谢老师

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-4-20 21:28
问题解决了，使用最新版的charmm36-2022jul即可解决

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