计算化学公社

标题: 求助：rdkit识别模型圆环数 [打印本页]

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作者
Author: LGX    时间: 2023-4-20 17:20
标题: 求助：rdkit识别模型圆环数
各位老师大家好，现需要求助使用rdkit识别xyz文件类型中的3-7圆环，请问哪位老师有相应的脚本能够参考一下

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作者
Author: 鬼隐    时间: 2023-4-20 19:42

1. from rdkit import Chem
   
2. 
   
3. mol = Chem.SDMolSupplier("test.sdf")[0]
   
4. ring_info = mol.GetRingInfo()
   
5. atom_rings = ring_info.AtomRings()
   
6. 
   
7. for ring in atom_rings:
   
8.     if len(ring) <= 7 and len(ring) >= 3:
   
9.         print(ring)

复制代码

先把xyz转成sdf然后rdkit读即可

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作者
Author: LGX    时间: 2023-4-20 21:46

鬼隐 发表于 2023-4-20 19:42
先把xyz转成sdf然后rdkit读即可

感谢感谢

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作者
Author: LGX    时间: 2023-4-20 21:56

鬼隐 发表于 2023-4-20 19:42
先把xyz转成sdf然后rdkit读即可

请问如果使用Open Babel转化文件类型的话，原子数太多，转化的有点慢，请问有什么比较好的方法吗

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作者
Author: ffcc    时间: 2025-12-9 11:17

鬼隐 发表于 2023-4-20 19:42
先把xyz转成sdf然后rdkit读即可

大佬请问，为何我转的sdf文件，rdkit读不出来，我试过很多种方法都不行

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