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标题: 求助：怎么计算氢键角度 [打印本页]

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2023-4-20 20:57
标题: 求助：怎么计算氢键角度
如题，应该怎么计算氢键的角度那？gmx自带的hbond命令可以吗？我是想统计一下体系的平均氢键键角
之前看过一个李老师的AOP计算的思路水分子序参数计算，但是不知道氢键键角计算和AOP是否相同，如果相同怎么确定OHO的三连对那？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-21 00:48
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取平均可以之后用gmx analyze处理相应的xvg文件

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-24 20:28
本帖最后由 sj12138 于 2023-4-24 20:30 编辑

sobereva 发表于 2023-4-21 00:48
取平均可以之后用gmx analyze处理相应的xvg文件

老师，按照您的指导，我使用命令
gmx_mpi hbond -f md.xtc -s md.tpr -n sol.ndx -dist -ang
然后Select a group选择的是
7 回车
7 回车
也就是都是SOL，这样选择是正确的吗？还是应该一个选择OW，一个选择HW那？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 00:18

sj12138 发表于 2023-4-24 20:28
老师，按照您的指导，我使用命令
gmx_mpi hbond -f md.xtc -s md.tpr -n sol.ndx -dist -ang
然后Selec ...

如果你要统计所有水之间的氢键，是

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