计算化学公社

标题: ONIOM方法优化ZSM-5出错 [打印本页]

作者
Author: 维维最爱小黄人 时间: 2016-7-4 15:47
标题: ONIOM方法优化ZSM-5出错
我用ONIOM方法优化ZSM-5，输入文件在附件里，输出文件末尾如图所示，是优化方法不对么？还麻烦各位老师能帮忙看看

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-4 16:15
属于Gaussian bug，建议把输入输出文件发到Gaussian中文答疑邮箱

作者
Author: 维维最爱小黄人 时间: 2016-7-4 20:59
好的，谢谢sob老师

作者
Author: 维维最爱小黄人 时间: 2016-7-5 21:05

sobereva 发表于 2016-7-4 16:15
属于Gaussian bug，建议把输入输出文件发到Gaussian中文答疑邮箱

老师，在发送邮件之前需要填写很多信息，是不是需要拥有版权才可以？师兄跟我说他只知道我们有G03的版权，G09可能没有，但现在用的是G09。如果有版权问题，是不是不能给人发邮件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-6 03:29

维维最爱小黄人发表于 2016-7-5 21:05
老师，在发送邮件之前需要填写很多信息，是不是需要拥有版权才可以？师兄跟我说他只知道我们有G03的版权 ...

你最后发文章，用了g09也得买g09啊
或者你单位填个买了g09的单位
没有额外要求，很好填
http://www.gaussian.com/g_tech/em_help_cn.htm

作者
Author: 维维最爱小黄人 时间: 2016-7-6 09:18
好的，谢谢老师

作者
Author: 维维最爱小黄人 时间: 2016-8-6 20:01
我得到的回信内容如下，按照工程师给的建议进行修改，计算没有再出错。贴出来，给与我遇到相同问题的孩纸一个参考。
出现这样的错误是因为ONIOM中冻结原子时，Low Layer的Link atoms和对应High Layer里的原子需要使用相同的处理方式。因此，如果需要冻结所有Low Layer的原子，那么或者同时冻结Link atom连接的High Layer里的原子，或者取消冻结Link atoms。
这样处理的原因是，当您使用H替代O时，Si-O和Si-H的键长并不相同。因此，Gaussian不是直接在原来O的位置上用H替换，而是在原先的Si-O之间加上H，将Si-O键长乘以一个系数作为Si-H键长。您可以在输出文件中找到如下内容：

ONIOM: Cut between O /H 15 and Si  132 factor= 0.862226 0.862226
ONIOM: Cut between O /H 89 and Si  203 factor= 0.862226 0.862226
ONIOM: Cut between O /H 126 and Si  132 factor= 0.862226 0.862226

因此，Link atom连接的High Layer里的原子和Link atom应该作为一个整体来处理。或者都冻结，或者都不冻结。

此外，另一种方法是，默认QM:MM体系，MM部分使用MicroIteration，能显著加速大体系的计算速度。对于中等大小( <300个原子)的体系，可以使用Opt=NoMicro来取消MicroIteration，也能避免上述问题。（推荐使用前一种方法，即将 link atom和连接的原子一起处理）

作者
Author: zhutuziqin 时间: 2018-10-9 18:49
您好可以麻烦您看一下附件出现截图上面的情况能否用你提出的这种解决方案呢

作者
Author: 吕安琪 时间: 2019-12-4 14:30
本帖最后由吕安琪于 2019-12-4 14:40 编辑

维维最爱小黄人发表于 2016-8-6 20:01
我得到的回信内容如下，按照工程师给的建议进行修改，计算没有再出错。贴出来，给与我遇到相同问题的孩纸一 ...

您好我的体系报错也出现了同样的问题由于我计算的体系是MOF 晶体堆积起来之后所有分子全部连接在一起了变成了一个整体请问这个时候应该怎么处理呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)