计算化学公社

标题: 研究有机分子聚集后的荧光发射光谱，应该如何操作，谢谢指点 [打印本页]

作者
Author: Tommylin 时间: 2023-4-21 20:33
标题: 研究有机分子聚集后的荧光发射光谱，应该如何操作，谢谢指点
本帖最后由 Tommylin 于 2023-4-25 19:49 编辑

各位老师好
最近在研究有关有机分子聚集后的发光颜色，于是打算先跑模拟作预测，我的思路是用Gromacs跑MD，跑完后取出聚集的团簇，再利用Gaussian做ONIOM。
目前是顺利的跑完MD，有机分子有成功聚集，但现在不知道如何取出团簇，也不知道如何将取出后的团簇放入Gaussian做ONIOM，想请问一下各位大神该如何操作。

由于本身不是做模拟为主的，目前都是找相关文献和帖子自学，若思路上或是操作上有任何不对的地方也请各位指点一下，谢谢各位包含与指点

参考文献:
https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2017/sc/c8tc06559d
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct5009312

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-21 20:47
参照http://sobereva.com/579的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-22 00:29
那叫荧光发射光谱

VMD载入轨迹，save coordinate保存坐标的时候用下文里说的选择语句恰当选取一块区域得到团簇
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

做ONIOM的过程不是几句话能说清楚的，公社论坛首页google框搜，有什么具体问题可以再问。另外，北京科音基础量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）有专门一节详细讲ONIOM的原理和在Gaussian中的使用。

作者
Author: Tommylin 时间: 2023-4-25 20:41

wzkchem5 发表于 2023-4-21 20:47
参照http://sobereva.com/579的方法

好的谢谢老師您，我会当作参考

作者
Author: Tommylin 时间: 2023-4-25 21:00

sobereva 发表于 2023-4-22 00:29
那叫荧光发射光谱

VMD载入轨迹，save coordinate保存坐标的时候用下文里说的选择语句恰当选取一块区域得 ...

好的我马上做更正。

谢谢sob老师的回覆，在自学模拟期间阅读您很多博文和帖子，帮助我非常多，但也很抱歉由于地理因素无法亲自去上老师的培训班

若sob老师不介意，还有一些问题想请问老师

1. VMD取出团簇后，储存mol2档或pdb档有差别吗
目前试过mol2档在gview无法成功开启
2.ONIOM相关问题
看了一些文献，公社论坛的文章和其他人发问的帖子，整理出目前的做法
(1)Gromacs MD跑完后透过VMD取出团簇
(2)做优化
取出的团簇在Gaussian开启后选中心2个有机分子(dimer)作为QM(High layer)，其他外围分子用作UFF力场，并将MM(low layer)分子座标冻住，并开启electronic embedding
# opt oniom(b3lyp/6-31g (d,p):uff)=embed geom=connectivity
(3)计算TD-DFT，得到荧光发射能
优化完后，跑TD-DFT
# oniom(td=(nstates=6)/b3lyp/6-31g (d,p):uff)=embed geom=connectivity

想请问老师这样是否正确，或是哪里需要做更正，若有不礼貌的地方请老师见谅

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