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标题: 如何实现一个盒子中多个相同物质进行模拟 [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-4-21 22:16
标题: 如何实现一个盒子中多个相同物质进行模拟
以该教程为例Protein-Ligand Complex (mdtutorials.com)，如果我想实现同一个盒子里面出现两个相同的蛋白和两个相同配体，文件处理上要如何实现呢？这个时候盒子大小又应该如何选择呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-22 00:24
建模的时候加两个蛋白，pdb2gmx会自动恰当处理。默认每条蛋白质的链给你产生一个itp文件。
对于加两个配体，且自己用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）等程序产生了itp文件，在top的[ molecules ]里恰当写上其数目就完了

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-4-22 11:20

sobereva 发表于 2023-4-22 00:24
建模的时候加两个蛋白，pdb2gmx会自动恰当处理。默认每条蛋白质的链给你产生一个itp文件。
对于加两个配体 ...

不好意思老师，我刚起步学习，我目前只有一个蛋白的pdb文件，请问怎样构建两个蛋白的模型呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-23 07:41

sd6512066 发表于 2023-4-22 11:20
不好意思老师，我刚起步学习，我目前只有一个蛋白的pdb文件，请问怎样构建两个蛋白的模型呢

自己手动合并pdb文件
或者gmx insert-molecules之类插入

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-4-23 19:36

sobereva 发表于 2023-4-23 07:41
自己手动合并pdb文件
或者gmx insert-molecules之类插入

感谢老师

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