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标题: 求助Sobtop生成拓扑文件结合openbabel赋予的总电荷为-42，且很多C、H原子都是0电荷 [打印本页]

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Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-23 13:23
标题: 求助Sobtop生成拓扑文件结合openbabel赋予的总电荷为-42，且很多C、H原子都是0电荷
本帖最后由吹梦到西洲于 2023-4-25 09:47 编辑

根据Sobtop (sobereva.com)例二的方法，生成具有三个重复单元的拓扑结构，原子大概1200个，结合openbabel生成电荷的时候，总电荷为-42，并且很多C、H原子都是0电荷。如果不用openbabel选用文中提到的用Multiwfn赋予RESP电荷，是不是需要安装gaussian，有其他开源免费的平替吗？

作者
Author: MercuryLamp 时间: 2023-4-23 13:39
卢老师有篇博文讲了怎么用orca算RESP、RESP2电荷http://sobereva.com/637

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-23 20:08
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Sobtop基于gaff力场生成拓扑文件，结合openbabel赋予电荷” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-23 20:09
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Multiwfn支持的波函数分析功能里>99%的都不需要非得用Gaussian，看下文，原子电荷都不例外
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-24 09:28

MercuryLamp 发表于 2023-4-23 13:39
卢老师有篇博文讲了怎么用orca算RESP、RESP2电荷http://sobereva.com/637

好的，我去看一看感谢

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-24 09:30

sobereva 发表于 2023-4-23 20:09
上传输入文件

Multiwfn支持的波函数分析功能里>99%的都不需要非得用Gaussian，看下文，原子电荷都不例外 ...

您好，请问是指我输入sobtop的mol2文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-25 00:25

吹梦到西洲发表于 2023-4-24 09:30
您好，请问是指我输入sobtop的mol2文件吗？

是

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-25 09:47

sobereva 发表于 2023-4-25 00:25
是

已经重新编辑进去了请看

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Author: sobereva 时间: 2023-4-26 03:06

吹梦到西洲发表于 2023-4-25 09:47
已经重新编辑进去了请看

我这里没有任何问题，总电荷为0。sobtop输出信息都在附件里。有的原子电荷为零是因为MMFF94计算原子电荷方法就那么定义的。

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2023-4-28 17:36

sobereva 发表于 2023-4-26 03:06
我这里没有任何问题，总电荷为0。sobtop输出信息都在附件里。有的原子电荷为零是因为MMFF94计算原子电荷 ...

好的,因为之前用opls-aa的时候没有0的charge 所以产生了一点疑虑我这边也是这样结果，谢谢老师

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