计算化学公社

标题: 求助：求助大肠杆菌结构mol或xyz格式 [打印本页]

作者
Author: yyww123 时间: 2023-4-23 14:55
标题: 求助：求助大肠杆菌结构mol或xyz格式
求助：求助大肠杆菌结构mol或xyz格式

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-23 15:09
你是问大肠杆菌里的某个酶吧？
上哪也找不到整个细菌的全原子模型啊

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-23 20:18
如果要大肠杆菌里某个蛋白的坐标文件，去RCSB（http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do）上搜
实际计算研究都是研究细菌里的生物大分子，不可能研究整个细菌。诸如我这篇文章里用分子动力学研究了大肠杆菌酪氨酸激酶活性位点：Biochemistry, 48, 7986-7995 (2009)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-24 13:16
本帖最后由喵星大佬于 2023-4-24 13:25 编辑

大肠杆菌的确实是没有，但是支原体的细胞质模型倒是真的有
eLife 2016, 5, e19247里面跑了这个模型，有大概100 nm^3，1亿原子，但是只是支原体细胞质的一部分
模型在J. Mol. Graphics Modell. 2015, 58, 1这个文章里说了，但是在哪能弄到你要去找一下了，估计是有的话也是pdb的格式
细胞级的模拟其实也有，不过是NAMD的开发者在超算上玩的
http://www.ks.uiuc.edu/Highlight ... p;highlight=2020-05

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