公社群聊Q&A整理：2016.06.21 06 ~ 2016.06.23 06 Concate - 计算化学公社

2016.06.21 05:08:38
Q:
VMD里面有什么Tcl可以精确移动某个组沿着坐标轴移动？
A:
让某些原子绕z转90度。$sel move [transaxis z 90] $sel代表如atomselect0
让某些原子根据0 0 0.5向量平移$sel move [transoffset {0 0 0.5}]
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2016.06.21 05:28:24
Q:
[图片]Sob老师，可以将绿色图形变成透明的吗？
A:
可，看上方菜单栏，可以改显示方式
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2016.06.21 05:31:43
Q:
各位老师好，请问投ACS的稿，reference要不要做好超链接？
请问投稿的稿件里的引用文献需要做好超连接吗？
A:
不用
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2016.06.21 05:33:26
Q:
请问有人懂level shifting吗？
请教一个问题
能级移动后算出来的gap小于移动的能量，这样合理吗
A:
算出来的gap跟能级移动多少根本没关系
Q:
soga
请问，计算时候，原先费米面附近能量密集。现在能级移动了，出现了大的gap。怎么把能量变回去啊
谢谢了啊
如果这个gap小于能级移动值。移动的能量降低后，LUMO就低于HOMO了
不知道怎么弄呢
谢谢各位解答啊
A:
能级移动用处是SCF过程中增加空轨道能量，而不是降低
Q:
嗯呐，增加了后，中间出现gap容易收敛了
但是这个gap怎么消除呢
A:
不影响结果啊
程序给你结果时自动会调回去
看此文介绍
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.06.21 05:48:54
Q:
请问linux怎么关掉睿频呢？
A:
关它作甚
要关到BIOS里关
Q:
我在advanced中找不到Voltage，是linux系统
想测试一下有无睿频对于计算速度的影响
A:
当然对速度提升有益
BIOS里找turbo boost
Q:
好的我试试
[图片]
老师，这个找不到turbo
A:
挨个翻着找
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2016.06.21 05:52:29
Q:
[图片] VMD里面，这些箭头，是不是代表坐标轴的正方向（+）？
有没有人研究过它？
A:
是
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2016.06.21 06:06:30
Q:
可以用Gaussian的PBC研究周期性材料对污染物的吸附能吗？
A:
可以，但别用PBC，改用团簇模型来算，否则太慢，功能限制太多
Q:
组里面有高斯，还是用高斯的团簇来计算吧，那么如果算CNT的话，碳管的长度多长算是比较合适呢？
A:
当然看你吸附的分子大小
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2016.06.21 06:46:07
Q:
请问老师算激发能出现这个错误应该怎样解决，输入文件#p cam-b3lyp/genecp geom=connectivity iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)prop=field
[图片]这是错误
A:
先去掉烂七八糟的关键词和iop
Sobereva(190258442) 22:47:15
先去掉烂七八糟的关键词和iop
你这哪是算激发能，连个td都没有，仔细看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.06.21 06:58:23
Q:
一个含有大概7个苯环和三个乙烯式双键的共轭体系，如果想SOS计算超计划率，TDDFT能做动吗？激发态取多少比较合适？
A:
一般取100多个态
能做得动
Q:
我算吸收光谱取了50个态，对于这种纯有机，是不是没必要？
A:
算SOS不够收敛的
Q:
我说算Uv-vis，不是SOS，跟上面的是两个问题
A:
看体系多大
小分子足矣，大共轭未必够
Q:
体系就是刚才的体系
一个含有大概10个苯环和三个乙烯式双键的共轭体系
6-311G(d) 下1392 basis functions
A:
不够
Q:
50个态还不够啊
难道我算100个，Uv-vis画出来会跟50个有本质区别吗？
明天试试看
A:
试算一次看看激发能最高到多少nm了就知道了，可以不等davdison迭代收敛，只看第一轮估计一下
50个态低波长会漏
Q:
你的意思，可能补货涉及整个紫外-可见区？
你的意思，可能不会涉及整个紫外-可见区？
A:
y
Q:
[图片]
还可以吧
[图片]
A:
还行
你觉得够就够
Q:
话说，一般不就是讨论第一个或者前两个峰？也就是波长最大的，就算激发能最高的会漏，也很少关注，是吧
A:
如果你只研究这些，当前态数就够了
有时候得要和整个谱对上，比如ECD判断手性之类，就得算得比较高
Q:
还有个问题，100个态的前50个和50个态的结果会完全相同吗
A:
不会
Q:
我记得做过测试，是不一样的
再一个问题，相同体系100个态和50个态时间相差多少呢？我记得好像没有明显增加啊
A:
会增加许多
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2016.06.21 07:27:17
Q:
首先安装VMD，然后将func1.cub和func2.cub复制到VMD安装后的目录下，即vmd.exe所在路径。然后在此目录下编写一个文本文件，后缀为.vmd，比如ltwd.vmd。在里面填上如下内容：Info) /Applications/VMD 1.9.2.app/Contents/vmd/plugins/MACOSXX86/molfile
vmd > ERROR) Could not read file func1.cub
请问MAC 版vmd 应该将func2.cub 放哪个文件下
A:
当前目录、ltwd.vmd所在目录、VMD目录都试试
我讨厌MacOSX
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2016.06.21 15:34:42
Q:
老师，您好，我正在学习测试波函数的稳定性，如果对应的结构是过度态，测试波函数的结果也应该是稳定的吗？谢谢老师～
A:
波函数稳定性跟结构稳定性没有丝毫联系。每个结构下都有最稳定的波函数（基态波函数）。如果你在过渡态结构上直接收敛到了基态波函数，那么波函数稳定性测试也会表示波函数是稳定的。
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2016.06.21 16:20:07
Q:
老师，培训班教材里热力学性质计算的都是气体分子的热力学性质，如果想计算液体或者固体的热力学性质，如何计算，特别是非常不常见的物质，手册中无法查到。谢谢。
A:
那你得做第一性原理计算，或者做分子动力学，来考察凝聚相状态，高斯等量化程序搞不了。量化程序都是按理想气体来考虑的。
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2016.06.21 16:38:39
Q:
orca里的半经验方法有没有算弱作用力比较好的
A:
ORCA里没有，要么用MOPAC，可选余地很大，要么用g09的PM6D3
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2016.06.21 17:08:39
Q:
刚才算东西算得太猛了，CPU烫的直接关机了[emoji]
2012年的小笔记本了，现在垫了一堆硬币
A:
还是垫个散热底座吧
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2016.06.21 17:09:13
Q:
请问在pe里面关掉睿频后，linux里面也关了吗？
A:
PE指啥？如果是winPE，和linux丝毫无关
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2016.06.21 17:25:11
Q:
各位老师，做DIMER计算的时候，力越来越大，也就意味着不收敛？是构型的问题？还是参数设置的问题？
[图片]
A:
看看结构变化吧。初始结构不合理可能性较大，参数不合理也有可能
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2016.06.21 19:15:08
Q:
请问下之前所算体系一直加着两个弥散（学校老师让加的），且已经算了好多，现在所算体系中一直没有涉及阴离子体系，现在继续要做的优化约总工作量的1/3，我要不要换方法基组呢？换的话还要重算好多。
A:
不是阴离子体系优化完全不需要弥散，丝毫用处都没有，而且对结果不会有可察觉得到的改变。如果要算的体系有的是阴离子有的是中性的，优化时只给阴离子加弥散就够了，几何结构依然是有可比性的。
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2016.06.21 19:23:14
Q:
Sob老师这是体系与组成它的每个原子的密度差图[图片]请问应该怎样分析此图呢？
A:
比如C-H之间是绿色，说明形成了共价键，电子密度增加了。为了增加这部分电子，出现蓝色区域，代表电子流走了。对于过渡金属也
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2016.06.21 21:18:36
Q:
[图片]
[图片]
电荷和自旋多重度没问题
去掉opt关键词后就能正常运行
A:
你看看orca.out里的报错提示
一般来说这个计算级别是用来计算单点的，做优化太耗时间。优化用普通泛函就够了，没必要双杂化
Q:
老师，这是orca输出文件：
[图片]
[图片]
另外刚才您建议用普通泛函优化，如果要计算高精度单点能，能否用高斯优化出的结构在orca下计算？
A:
可以
就是PWPB95没有梯度，所以没法用这个泛函优化
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2016.06.21 21:34:10
Q:
宾馆预订了……359，貌似小贵，还不含早餐，我倒
A:
早点预定的话格林豪泰有200多元的。周围还有好多其它宾馆，应该也有200多的
Q:
我刚才电话，只有359的，其余宾馆没问，还是住那吧，毕竟上课方便，只是并不含早餐，恨死郁闷
A:
早饭在旁边超市买个面包就行了，我一直也是如此
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2016.06.21 21:43:27
Q:
老师，提高Multiwfn输出的图像的像素，也就是setting中的aug3D的数值应该设为多少呢
A:
up to you
Q:
默认是6，我怕太大，机器运行会卡
A:
我看错了
aug3D和输出图像像素完全无关，这只决定计算的数据空间范围大小
Q:
[表情]哦，那哪一个是修改像素的呢
A:
graph1Dsize= 1600,1000 // Width and height of outputted graph file for line plotting; [1,inf) integer; 1600,1000
graph2Dsize= 1500,1200 // Width and height of outputted graph file for 2D plotting. If you want to adjust this value, you'd better ensure that the ratio of of the two values is 5:4, e.g. 3000:2400 and 1000:800; [1,inf) integer; 1500,1200
graph3Dsize= 1400,1400 // Width and height of outputted graph file for 3D plotting; [1,inf) integer; 1400,1400
Q:
[表情]平面图选第二个是吧
A:
y
Q:
[表情]谢谢大宝老师
刚才用sigmaplot画，鼓捣半天也没画出了
[表情]
老师，我把数值提升到了5000：4000，结果输出的画面颜色很淡，能让黑色更深一点吗
A:
自行用ps缩小图像尺寸，经过重新采样后线条一般会变得圆滑、略粗一些
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2016.06.21 22:09:15
Q:
老师，对于一个D-A-D型分子，我想测量两个D部分质心之间的距离，用Multiwfn怎样处理呢
A:
主功能100里选项21可以用来计算质心，进入之后输入原子编号，就能把这部分对应的质心坐标计算出来。算出两个D质心坐标自行一算距离即可
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2016.06.21 22:28:36
Q:
[图片]
如果之前装别的软件转过mpi和fftw，装gromacs就这样简单粗暴就行了吧？
A:
就按这个装就行
http://sobereva.com/247
并不需要之前装过mpi和fftw
Q:
官网的make .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
你的cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50
有什么区别？可以讲讲吗？谢谢
[图片]我按官网的这个装，结构后面出现这样的错误提示，不知道什么意思，SOB老师给讲解一下吧
感觉是download什么东西？是不是不用管？
A:
按我的准没错，没研究过它的
Q:
[图片]那你的这个就是撞到这个文件夹的意思吗？
A:
y
Q:
……build/sob/gromacs50对吧
看来我要把“sob”删掉[表情]
A:
up to you
Q:
还有个问题，您说[图片]，sob/gromacs50文件夹难道不是在Gromacs安装目录下吗？怎么要删了Gromacs安装目录？莫非是在根目录下？
A:
解压后的目录是诸如gromacs5.1.1，这里装到了比如gromacs511，之前的源代码目录当然可以删了
我不爱装在原先的解压的目录下，要不然和源代码目录和文件掺和在一起
Q:
晓得了，我试试看
我以为你这个sob/gromacs50应该是在当前目录下，也就是“解压文件夹/sob/gromacs50”这样，是我理解错了？
难道应该是gromacs50和解压文件夹平行？也就是“解压文件夹”和“gromacs50”在同一文件夹“sob”下？
A:
可以都在sob下也可以不都在sob下，up to you
Q:
[图片] 又出错，是何道理？
[图片]上一步这个没问题@Sobereva
A:
编译用的机子能访问外网不？
Q:
不能
我们外网需要登陆客户端
A:
那不行，明显是自动下载fftw包下载不了
Q:
怎么解决？我的服务器上面似乎以前装过fftw
A:
fftw版本不对、编译时设定不对也没用
Q:
那我该如何解决呢？
迷茫……
A:
先连上网
Q:
我们外网需要登陆客户端
而且每个ip对应一个账号，并且跟机器绑定……上网这个比较困难
有其他的解决办法吗
A:
那你就看博文里
“**** 自己装FFTW的情况”
下面的做法
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2016.06.21 22:29:48
Q:
请教，我想得到紫外和ECD，对计算的轨道n，一般多少比较合适，80个原子左右，谢谢/抱拳
A:
nstates控制要考虑的激发态数，不是轨道数。多少合适跟你泛函、体系特征都有密切关系。如果要算完整，比如能到150nm，一口气100个态保险，如果算不动，先算50个态看看
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2016.06.21 22:38:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以看到不同地方电子有增减，某种程度上也算是发生了轨道杂化
Q:
谢谢，Sob 老师。想分析整个反应过程中电荷的转移，[图片]请问Sob老师此图中能否看出电荷的转移情况，是把反应中涉及的所有的中间体好过渡态全部做这样的分析吗？
A:
你还是看原子电荷吧，更直观也容易定量考察
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2016.06.21 22:39:24
Q:
sob老师，我还有一个问题想向您咨询一下，我在将优化好的过渡态结构进行波函数稳定测试时，总会出现l508错误，我的输入文件是[图片]，报错结果是[图片]，请问sob老师我应该怎么处理这种结果呢？
A:
scrf去了看看
或者基组改小点，用6-31G*，看看能不能完成。能的话TZVP的时候再读取它的初猜，一般也能得到TZVP下最稳定波函数
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2016.06.21 22:47:17
Q:
老师：昨天晚上关于NBO的使用还存在问题，我又重新直接在.47文件中修改了，按照您帖子中的[图片]修改的，修改后的test.47文件如下：[图片]，然后双击run.bat 结果提示说
[图片]，请问我该怎样改呢？谢谢····@Sobereva
A:
你这哪是.47文件，分明是高斯输入文件。.47是NBO输入文件
Q:
老师：那您帖子中的[图片][图片]这是？我马上看看NBO的手册
A:
这是高斯输入文件，你得有能挂着高斯运行的NBO5，高斯运行这个输入文件的时候就会自动调用NBO5分解屏蔽张量
不可能有中文手册
怎么做在博文里已经写得超级清楚了，都用不着你看NBO手册
Q:
可是我没有···/撇嘴，我是按照老师您帖子中下载的NBO6.0. 如果看了test.47文件的模版[图片]。表示看不懂。手册中我找到了[图片]输入文件摸板，参照这个我感觉红色就是和手册中的很像，可是蓝色框框
是啥？老师：请问是否有NBO输入文件的摸板（就像高斯一样）或者是NBO的中文手册，好迷茫的赶脚·· [图片]
/难过
A:
要让GENNBO干嘛，就在$GENNBO里写相应关键词就完了，别的甭动
Q:
您说的博文是那一篇呢？我现在在看您的[图片]这篇，可是这篇中NBO是嵌入在高斯中使用的，而我的是单独的NBO，我想在 NBO进行芳香性的sigma和π的贡献分解。之后我就不知道该怎样去添加了[图片]。可以麻烦老师您给一个模板吗？/快哭了
没有，我想用NBO进行芳香性的研究，可是不会用····/难过，不过正在学/奋斗，老师
我都快被自己给蠢哭了·····/可怜
A:
你就用已经嵌入高斯的NBO3.1分解不就完了，用高版本干嘛？
Q:
我的体系用不了，之前问过老师 ···总是提示说[图片]，
我于是根据NBO去找，，可是原子几乎换了一遍还是不行····
之前学这个的时候我是使用的小体系能顺利成功···然后用我的体系去研究····就不行了····
A:
自己买个挂着高斯的NBO6
GENNBO做不了NCS分解
Q:
然后老师就建议我使用NBO6···
A:
要按博文里用Gaussian+NBO5，你得自己会编译高斯，你绝对做不到
Q:
恩 ···我也想买，可是我现在就是学术的奴隶狗····主人····估计不会买···不过老师可以麻烦您说一下官网的网址吗？看看····
A:
[图片]
Q:
我是不知道该去什么官网，是高斯的吗？还是NBO的？
A:
买NBO到高斯网站干啥去？
Q:
买NBO6需要多少钱呢？
A:
没多少钱，看官网报价
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2016.06.21 23:07:48
Q:
问个弱智问题，[图片]这里面一些文件夹是我装程序的时候解压出来的，但是我不清楚程序装哪里了，想删一些，不敢删，怎么办？
比如[图片][图片][图片]等等
A:
你先把目录改个名，之后如果你的程序还都能运行，就删了即可
Q:
如果我想确定装哪里了，怎么办？就是最本分的方法该怎么做
A:
which一下看看在哪
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2016.06.21 23:11:52
Q:
请问，gaussian 09Bwin 32版和 gaussian 09Bwin 64版比，在使用上有什么限制吗？
A:
内存最多2GB、硬盘最多16GB
Q:
虚拟内存也不能调用更大的吗？
A:
不能
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2016.06.21 23:36:00
Q:
请问如果分子带一个正电荷，那么MOPAC优化结构时输入文件mop的第一行就应该写上charge=1，对吗？
A:
y
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2016.06.21 23:37:48
Q:
各位老师我用orca优化了300原子的体系，算了一个月了还不能正常收敛有没有什么好办法，初始结构做过构型搜索的。
A:
修改步长上限，尝试不同的优化算法，降低收敛限之类的，跟高斯处理起来一样
Q:
我才叫蠢啊，什么东西都记不住做过的东西几天就忘玩完的，谢谢sob老师，我把tightscf和grid=4取了，改成默认的了
A:
去了tightscf和grid=4只会导致几何优化更难收敛
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2016.06.21 23:58:26
Q:
请问要计算1；2复合物的相互作用，BSSE校正，输入文件是不是和1:1的类似啊
A:
你把那两个复合物当成一个片段就完了
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2016.06.22 00:16:20
Q:
老师，我想问下，在计算溶剂中激发态的垂直跃迁能时怎么考虑ZPVE校正？
A:
跟ZPE完全扯不上关系
Q:
...那绝热跃迁呢老师？在看文献时看到这么一句话：the DFT/MRCI adiabatic excitation energy of the π→π* state(4.06ev including the zero-point vibrational energy corrections)
A:
把相应势能面极小点处ZPE加上去就完了
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2016.06.22 00:17:28
Q:
[图片]请问这种图是用什么软件画的呢
A:
虽然不知具体是什么图，但用Multiwfn肯定能做到
Q:
这就是文章中提到的partial DOS
一直想画这个
A:
PDOS是曲线图，绝对不是这样
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2016.06.22 00:33:52
Q:
请问把哪两个作为一个片段吧@Sobereva
A:
你不是要算一个片段和另外两个片段的相互作用能？
Q:
是的
哦，是把另外两个作为一个片段
是这样吗@Sobereva
A:
y
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2016.06.22 01:01:00
Q:
各位，我问个和计算不相干的问题：最近sci-hub.io不能用了吗？打这个域名加进去就无法访问了，以前是可以下载文献的~
A:
sci-hub.cc
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2016.06.22 01:08:25
Q:
[图片] 装cmake，这样的报错有问题吗？
A:
用root装
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2016.06.22 01:37:13
Q:
有哪位同学知道如何计算一个非平面分子的芳香性，/抱拳/抱拳/抱拳
有哪位同学知道如何计算一个非平面分子的芳香性，[表情][表情][表情]
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ
http://sobereva.com/261
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2016.06.22 02:23:39
Q:
今天一个老外问我 [图片] 这个里面的两个密度能否替换为任意两个cube？
A:
可以，multiwfn最新版本主功能13的选项11里面有这个运算操作
21 Get minimal value with another function i.e. min(A,B)
所以提供两个cube文件，就可以得到min(cube1,cube2)格点数据。然后用17 Show statistic data of the points in specific spatial and value range对新得到的格点数据做统计，得到的积分量就是这个了
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2016.06.22 02:33:34
Q:
哪位兄台帮忙下个百度文库的文档呢？非常感谢哈！
http://wenku.baidu.com/link?url=-rl_hlkpigpJxAoanu_gTVJeA0uDi_u_KA7lnvuqBI9M2zyqvPAxmM4LF-mYHWkqSua2OcM0b-7-HLkj0osRoIRCkZBeSf-BO6HDiU7ruey
A:
字号不要超过12，看群共享里群规
百度文库自行尝试用冰点文库下载
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2016.06.22 04:32:50
Q:
opt=gdiis
[图片]
可以calcfc一下
不过他这个体系calcfc目测要4-5day
A:
cartesian根本没任何好处，只会收敛更慢
先考虑文末最后的方法
Q:
4个收敛判据怎么样的？
A:
收敛已经根本没希望了
Q:
震荡了
A:
早点改用合适的关键词重算
取最后的结构
改成6-311G**就好多了
弥散尽量不用
Q:
他那个应该120原子
A:
200个还用6-311G**[表情]
这么大体系根本都没必要收敛到默认标准四个都达到YES
看最后N个点，结构肉眼都看不出什么差异就直接用完了
Q:
力<1%系统不应该认为收敛吗？
A:
说明他还没到<1%
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2016.06.22 05:04:07
Q:
求片文献,链接如下http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2007/nj/b618493f/unauth谢谢
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
[图片]
A:
今年1月25日已经求过一次sci-hub能下的文献了
[图片]
去掉末尾的unauth
Q:
[图片]还是不行[表情]
A:
sci-hub.bz也明明可以。群规里说了用bz的时候要写https
[图片]
Q:
群主，请问有时候sci—hub（在我的网页收藏夹中）刚开始的时候能下，但是过了一段时间却不能下载，请问这个问题该怎么解决呢？
A:
看具体情况，不好说，多试几次
Q:
请问有时候是不是需要改变网址的后缀呀？
A:
就加这俩之一
sci-hub.cc
sci-hub.bz 结合https
没有其它任何需要改的地方
Q:
sci-hub.org(club)都不能用了，还有什么方法能下文献？谢谢
A:
刚说完
Sobereva(190258442) 21:13:37
就加这俩之一
sci-hub.cc
sci-hub.bz 结合https
没有其它任何需要改的地方
只要能用的sci-hub尚存，群共享里的群规里一定会看到能用的sci-hub
Q:
我输入DOI，跳转之后还是这个页面
我根据群规里边的方法为啥还是下不了了？
A:
文章网址贴出来
Q:
了解！
A:
真是百毒
Q:
http://www.sci-hub.cn/ 这个不知道能不能有用
A:
没用
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adsc.201600531/pdf
A:
比较新的wiley的文章用sci-hub都无效
Q:
wiley共用账号，请勿改密，再次强调，请勿改密
用户名redemption94 有效期至8.26
用户名beautifulmind007 有效期至7.30
用户名chandler1888 有效期至7.21
用户名puzo1969 有效期至7.20
用户名yeats613128 密码x654321 多伦多大学有效期至6.14
byron1788122 密码 x753624 （6.20 可用)
A:
[表情]
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:14:30
Q:
看别人的MOPAC输入文件中[图片]O后面加了（-1）是什么意思？
固定坐标，还是优化坐标？
不应该用0和1的吗？
A:
忘了，一试便知
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:25:28
Q:
请问这个图是用什么软件做的，谢谢！[图片]
A:
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
http://sobereva.com/151
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:39:09
Q:
MOPAC可以并行不？
A:
可以，但并行效率不高
默认就是能用多少核就用多少
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:43:42
Q:
sob老师我用multiwfn做个350个原子的体系的RDG图怎么卡到converting basis function information from certesian to spherical type..le
是不是体系太大不能做了
A:
体系太大。要么用小点基组，要么取一个片段做单点计算fch文件，要么基于promolecular近似做RDG
Q:
出来了，体系太大等了10分钟才出来
A:
你若改用.wfn文件，载入会快得多
结果一样
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:46:27
Q:
[图片] 话说这括号里的数字是不是代表识别码？
A:
用来区别是哪个sobereva
----------------------------------------------------
2016.06.22 05:49:36
Q:
[图片]
求助一下，文章已经被录用，现在编辑发了个这个让选择
改怎么选择呢
大神指导一下啊
A:
不想花钱就no
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2016.06.22 06:41:36
Q:
请问在Gaussian中算NPA和ADCH电荷时是直接写关键词pop=NPA和pop=ADCH吗，各位老师，谢谢
A:
ADCH用Multiwfn算，看手册4.7.2节的例子
NPA是这样
----------------------------------------------------
2016.06.22 06:43:19
Q:
sob,《静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型》这文献的SI挂了，期刊网站上下不来，还有哪里能下载到么？
A:
传到群共享了，文章里面的附件就是补充材料
Q:
sob是这个[图片]挂了，没法下载，正文是可以下载的~
我可能没说清楚...
A:
文章pdf传群共享里了，你看里面的附件
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.22 07:02:10
Q:
sob老师，您好，请教一个问题。在一篇文献中他是用[图片]这种方法算的，结果是这样的[图片]这里C1，O3，O4和N8应该前面价格负号，加起来是-0.751992，我用这个数据用自己的程序计算和另一篇文献的结果是比较符合的。然而，我自己在算电荷时，用的是这样的输入文件[图片]其中上面的0应该是说明该分子是中性分子，用各种算电荷的关键词算出来电荷加起来都是0，请问老师，我现在该怎么处理，谢谢
我记着 CHELPG charge 计算时是有各原子电荷数之和等于总电荷数这个限制的
就是等于分子说明中的0，是嘛
A:
y
Q:
如果我没记错的话，是。
不知道那文献中怎么回事
那什么电荷可以算出来的结果没有限制
基于电负性均衡的？
A:
都有限制
没有限制结果根本没意义
Q:
嗯，那他这篇文献的电荷就有问题了？
我们还准备引用他的文献呢
A:
[图片]
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2016.06.22 11:19:04
Q:
刚听来一桩趣闻：Head-Gordon，Pople等人从Gaussian Inc撤出来成立Q-Chem时候，把他们当年自己写的代码用在了QChem中，结果被Gaussian起诉了，关键是，Pople他们还输了...所以，现在QChem中大部分代码都是他们自己又从零重新写的
A:
[图片]
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2016.06.22 17:59:11
Q:
To locate the 3MC states, the structures were distorted in order to get a good starting guess for a subsequent unrestricted triplet optimization. The philosophy used for construction of a starting structure for 3MC state optimization was rather simple.
[图片]请问下各位老师， 3MC state怎么优化啊？
请问下各位这个怎么优化啊？the triplet states at 3MC optimized geometries[图片]
To locate the 3MC states, the structures were distorted in order to get a good starting guess for a subsequent unrestricted triplet optimization. The philosophy used for construction of a starting structure for 3MC state optimization was rather simple.
A:
Wang 摆个感觉可能对应3MC的结构，优化，优化完根据电荷变化判断是否是3MC。不是的话再改初猜。
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2016.06.22 18:16:23
Q:
请教一下，优化和走IRC的时候总是出现508错误[图片]这怎么处理呢
[图片]请教一下，这是三五重态MECP处相应的轨道和不可约表示，像这种情况，五重态要跃迁到三重态，那是五重态哪个轨道上的电子发生翻转再跃迁呢
A:
不要这么考虑，而是当成把不同自旋的电子完全重新按照能量由低到高排进三重态的轨道。
毕竟两个态轨道特征相差很大。
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2016.06.22 18:20:41
Q:
求教：算TD时出现这个错误改如何处理？谢谢！[图片]输入文件为[图片]
A:
硬盘没空间了
腾更大地方要么基组改小点
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2016.06.22 18:27:49
Q:
请问老师，gmx trjconv 的-pbc 参数是不是只能选 nojump 和 atom其中之一？怎么能做到MD过程中水分子只在盒子内而且不会jump？？
A:
不可能只在盒子内还不jump。液相下分子显然会自发扩散出盒子，不jump就必然看上去跑出盒子，想让它在盒子内就必然jump
----------------------------------------------------
2016.06.22 19:01:00
Q:
各位老师好，有点Bader charge analysis分析VASP的CHGCAR的问题想请教大家：
它的CP命令的输出都是矩阵的特征值和特征向量我有点看不懂：
[图片]
我的疑问是：
1. 通过这些信息，可以计算出我们最关心的CP的电子密度吗？
2. 它虽然找到了那么多点，但是有什么办法可以可视化吗，如果不能，我怎么知道哪个CP在什么地方呢？
A:
把CP坐标写成原子来可视化
CP上有各种量，关注最多的就是电子密度
Q:
[图片]我感觉它这项：Threshold（临界值？）可能就是电子密度？
A:
可能是密度值，看看手册。或者算个分子体系和Multiwfn对照下
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2016.06.22 19:06:45
Q:
[图片] 老师，我本来是想看一下，I2和O18之间的弱相互作用（因二者之间的间距为2.3埃米），可是搞来搞去都是I2和H20的，怎么回事？难道I2和O18不存在弱相互作用？
[图片]为什么在负值区域也会出现等值面？@LiYuanhe
A:
你设-0.36时候，与之符号相反大小相同的等值面就是蓝色，所以你看到的还是0.36等值面
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2016.06.22 19:55:19
Q:
老师，我看了您写的《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=536
您提到对某些过渡金属配合物高估了高自旋态稳定性，将HF成份从20%调低至15%可解决。我最近遇到了一个类似情况，高自旋的能量问题。我看了您提到的JCP,117,4729这篇文献，使用B3LYP*泛函计算更准确。
在执行路径行写上 IOp(3/76 .....).....这些就是B3LYP*吗？
A:
y
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2016.06.22 21:12:48
Q:
请教一下，gromacs可以在windows下用么，想了解一下。
A:
本来官方就没有原生win版的
装个虚拟机跑linux用gmx
4.5.4版倒是有人提供过windows版
Q:
老师正好在，虚拟机和本机如何方便的传输文件？
A:
vmware虚拟机，直接把文件在主机-虚拟机窗口中直接拖就行，极方便
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2016.06.22 21:19:41
Q:
老师，Singlet Biradical Open Shell 这个还能优化出结构来？这种的多重度怎么指定，是1还是3呢？我是用guess=always，mix 不知道是否不妥
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
双自由基显然是1
Q:
谢谢，这篇有看，我开始以为直接guess=mix搞定呢
老师，我用1计算出来，pop=no，guess=mix，得到的homo，lumo Eigenvalues -- 是2和0
半经验的。难怪
A:
诸如Ub3lyp/def2SVP guess(mix,always) opt nosymm
0 1
优化完，一看自旋密度或自旋布居知道是否对称破缺了
Q:
Singlet Biradical openshell 构型优化，有这种提法么？
A:
有
Q:
我看到文献有计算，这种难度在opt里面加guess=mix关键词？
我看你发的教程都没涉及到结构优化
这种优化应该怎么计算呢？还是用利用片段组合波函数先产生波函数？
A:
Sobereva(190258442) 13:31:08
诸如Ub3lyp/def2SVP guess(mix,always) opt nosymm
0 1
优化完，一看自旋密度或自旋布居知道是否对称破缺了
----------------------------------------------------
2016.06.22 21:28:01
Q:
哎，同一个输入文件，在不同的电脑上，用相同的版本的高斯计算，算出来的能量居然不一样。
对我来说，差别已经不可忍受了。
而且在我的个人机2核算，速度更快。
# opt=modredundant oniom(pm6:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
6791个原子
半经验怎么啦？不同的机器上就会结果不一样?
A:
原子数越多、柔性越大，越可能有差异，这是数值因素导致的
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
Q:
那么，在linux下面跑的结果，跟在win下面跑的结果，差别更大？
A:
这倒没必然关系
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2016.06.22 21:32:22
Q:
polar=(DCSHG)和polar=DCSHG是不是都对？我就不测试了
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.22 21:34:22
Q:
是时候查收一波QQ邮箱了
Lammps看视频
优酷搜索lammps
A:
福州大学福州博德新材料科技有限公司这个培训一定要小心，不建议去。我看了网站，也是类似空壳，进入一些栏目，里面居然还是现成的模板留下的提示段落。
这帖子里参加过的人表示被忽悠了http://muchong.com/html/201502/8533342.html
网上乱七八糟虚假坑钱的培训通知太多
没看过此贴的一定要看看
谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
Q:
好的谢谢！说的北京那个，这个没问题吧
A:
哪个北京的？如果是lammps那个，纯属骗子。如果是指北京科音的，培训是我讲的，是绝对正规、高质量、良心价的培训
Q:
[图片]说的是这个嘻嘻是您讲吗
A:
当然是
科音的培训全都是我讲
Q:
哦哦那就放心啦老师已经同意我们去啦
A:
还有波函数分析与Multiwfn培训班，以及下半年的gromacs培训班也都是
看到墨家上午发的培训通知的往届的培训内容，感觉很搞笑。是学知识来了还是公款度假来了
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.22 21:35:56
Q:
一个由无数吡咯环和噻吩环通过亚甲基连接起来的大环，怎么需找它的一些稳定构想比较合理，比如我想找到20个最稳定的结构
一个由无数吡咯环和噻吩环通过亚甲基连接起来的大环，怎么寻找它的一些稳定构象比较合理，比如我想找到20个最稳定的结构
A:
不用at两遍
一般就跑分子动力学，将产生的一批结构当初猜分别优化就行了
还是这个帖子的思路
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.06.22 21:36:22
Q:
研究水中微小气泡的性质，您觉着用什么软件方案比较好？
A:
gmx就行
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2016.06.22 21:41:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
甭用qc，不收敛用其它做法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.06.22 22:01:28
Q:
哪位有百度文库下载的VIP?
我着急用，但没足够的下载券
A:
用冰点文库下
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2016.06.22 22:44:10
Q:
[图片]老师L103错误有什么解决方法吗？
A:
opt=cartesian
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2016.06.22 22:45:17
Q:
打扰大家一下 .fchk 如何传化为.wfn文件
.fchk 能直接传化为.wfn
[图片]
计算电子密度差的时候必须要.wfn
A:
没说必须得wfn
fch、wfn、wfx、molden都可以
如果有两个电子密度cube文件也可以直接做差
Q:
[图片]我输入excited state 的.fchk 文件，找不到5 Generate grid data选项
[图片]
A:
//后面是解释，没说必须得和屏幕上的选项一模一样。如果一模一样，我何必写这些注释
只要知道这一步真正到底是在做什么，自然而然就知道是一码事
----------------------------------------------------
2016.06.22 22:49:41
Q:
DFT计算的HOMO能级绝对值会直接对应IP吗？
A:
不对应，只有精确的泛函才对应
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:01:11
Q:
前段时间我让我师弟上传了一个e01版本到思想家公社论坛了
只分享安装文件不分享序列号可以么？
A:
序列号形同虚设
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:07:56
Q:
我发现网上的高斯windows版本的都是32位的。
A:
是的
Q:
怪不得内存设置超过1G就报错
A:
一般设1500MB
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:11:33
Q:
刚才请教的构想搜索的问题，是不是不用分子动力学，直接gentor工具能实现吗？
A:
也可以考虑这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3588
gentor不适合这种环状体系
Q:
恩
[图片]
就是这样的体系
那看来我要跑跑MS了？
[图片]
A:
y
Q:
GROMACS也能实现？
A:
sure
不过你用MS会方便得多，特别是之前没做过MD的话，用gmx跑这个体系会比较棘手
MS里建了模型直接就能跑，gmx你还得整拓扑文件搞参数
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:12:07
Q:
sober老师，一个结构中的片段跃迁偶极距可以计算出来么？请教一下：比如像下面这张图[图片]
通过multiwfn可以计算总的跃迁偶极距
A:
片段跃迁偶极矩Multiwfn直接给不出来，但是很容易获得。非要这功能我也可以加上
就是把跃迁密度矩阵和偶极矩积分矩阵每个元素直接相乘，然后再把对应片段的那一块矩阵元加和就完了
Q:
恩恩，还是希望sober老师能够加上[表情]@Sobereva
A:
我忘了实际上之前已经有个功能可以做
你先把settings.ini里的igenDbas设为1，然后在主功能18的选项1当中选
5 Decompose transition dipole moment to basis function and atom contributions
然后选1：Electric，就会把跃迁偶极矩分解为基函数和原子的贡献的结果输出到当前目录下的trdipcontri.txt，原子的贡献在最后头，比如：
Contribution from atoms to transition dipole moment (X,Y,Z, in a.u.) derived by Mulliken partition:
1(C ) : 0.00000 0.02050 -0.38200
2(C ) : -0.00000 -0.01545 0.67031
3(C ) : -0.00000 0.01545 0.67031
4(C ) : 0.00000 -0.02050 -0.38200
5(N ) : 0.00000 0.00000 0.08283
6(H ) : -0.00000 0.09228 0.04996
7(H ) : -0.00000 0.04797 0.12757
8(H ) : -0.00000 -0.04797 0.12757
9(H ) : -0.00000 -0.09228 0.04996
然后你把片段里对应的原子的数值加和就行了
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:33:38
Q:
[图片]老师为什么使用8,9收索不出键经呢？[图片]使用-2设置了收索参数（试了0.01和0.05）也不行
A:
输入文件给我我看看
Q:
@Sobereva
A:
用3.3.9(dev)，进主功能2依次输入2、3、8，有键径啊
[图片]
I的那边没出来是因为用了赝势。用了.wfx可解决，看
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:37:54
Q:
老师 [图片] 我跑EM老这样
没到达我设置的值就over了
[表情]
A:
用双精度版gmx跑跑，还不行就是结构或者参数问题
Q:
体系就是石墨烯和水石墨烯是在VMD里面生成的
A:
先单独跑石墨烯看看，如果没问题能跑的话，把石墨烯和水距离摆远点再跑试试
----------------------------------------------------
2016.06.22 23:37:54
Q:
SOB，这个7月忙不忙？
A:
7月巨忙，不如说一直都巨忙
现在还在忙着回复论坛里的帖子
Q:
还有个问题，讲完课真不去撸串啊？[表情]
A:
忙死了，每天白天讲课晚上还得备课，四天讲完了得马上先休息一下，还一堆后续事情得马上搞，比如处理积了好几天的论坛里的一大堆帖子、处理发票单据之类、回复包括培训班专用群在内的群里的一堆问题
Q:
好吧，呵呵，确实会很累，辛苦了！
呼吁下：到时候，谁组织能力强，组织大家一起出去聚聚呗，呵呵
我号召力不行啊
我觉得可以了，最好呼吁我们能和sob老师合个影
合影不是每期都有吗？
培训班结束会有大家一起的合影
会有的吧
有的
现在问题是喝酒，哈哈
然而老师滴酒不沾
可以撸串
撸串也没时间
A:
兴趣铺在科研的人对吃一般不大有兴趣...
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2016.06.22 23:38:12
Q:
类似的机构，还曾经邀请我去讲高斯了
A:
以前也有别的公司找我讲瓜斯，不去。
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2016.06.22 23:52:03
Q:
真的不可思议！
%nprocshared=2
%mem=1GB
# opt=modredundant oniom(pm6:amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
。。。。
B 6768 6766 F
B 6768 3636 1.630590 S 12 0.150000
==========================
6700个原子的体系，做这样的扫描。
16个小时就完成了。
[图片]
这是扫出来的曲线，居然还比较合逻辑。
莫非是天助我也？
A:
苦尽甘来
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2016.06.23 00:01:33
Q:
老师使用fchk和wfx计算出来的，AIM数据时一样的对么？只是就AIM分析是无法产生赝势部分的键径么？
I元素，怎么使用全电子机组？
A:
不一样。wfx表现了内核部分电子密度，也会多多少少影响价层区域。仔细看博文就知道了
能用的全电子基组在博文开头里也写了
----------------------------------------------------
2016.06.23 00:11:09
Q:
[图片]老师，这句话对吗？如果对，我在计算时需要先opt吗
A:
对
不同结构下基态可能不同，因为势能面可能交叉
Q:
那我是先把一个不确定自旋多重度的体系优化完成，然后通过修改自旋多重度来比较该体系的自旋多重度实际值？这样做对吗？
A:
y
如果就是要最低能量状态，你可以不同自旋多重度下都优化，看谁最后优化完了能量最低
----------------------------------------------------
2016.06.23 00:32:59
Q:
老师，有没有什么方法来计算C-H键的酸性
我的意思是在C-H活化反应中，计算C-H键的强弱，目的是想判断C-H键有没有被削弱，不过仍然要谢谢@卖萌君
谢谢这个也做过，不过差别不大，有没有通过更直观的类似于计算质子酸碱的酸碱性的方法来计算的？
A:
就是算结合H+的自由能啊，结合前后的自由能变直接就换算成pka了
Q:
是不是这样：比如我算CH4的酸性，我算一下CH4的能量，然后再分别算一下CH3-和H+的能量，算二者的能量差值？@Sobereva
A:
是自由能差值
不会算pka看此文
WIREs Comput Mol Sci 2015. doi: 10.1002/wcms.1218
DOI 10.1016/S1574-1400(10)06008-1
----------------------------------------------------
2016.06.23 00:35:29
Q:
及算荧光[图片]出现震荡，该如何处理呢?
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
文末的做法除了calcall都可用
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2016.06.23 00:57:01
Q:
[图片]
请教，12选项是hole和ele的overlap，图和3是一个效果么？
cube图
想得到hole和ele在一个图上的cube，感觉12选项不对应呢？
A:
12和3不一码事。12是对空间中每个点取electron和hole中的最小的数值，而3是同时显示
----------------------------------------------------
2016.06.23 01:09:05
Q:
问一下大家，AIMD从头算分子动力学可以用什么软件算？我就是想得到一个某温度下的稳定结构？
所以，大家的解决办法是什么？
A:
孤立体系用高斯就行，很简单。或者MS里的dmol3之类都行
----------------------------------------------------
2016.06.23 01:30:32
Q:
老师，帖子《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》中黄昆因子的计算使用的是S_i=λ_i/(h*ν_i)，但一般文献上都是使用的是
[图片]
请问，这两个怎样联系起来？
A:
一码事，看lambda的表达式
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2016.06.23 02:21:23
Q:
请问，sob有一篇教怎么写计算paper的博文，我找不到了。。。
A:
不是博文，是幻灯片http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=234
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2016.06.23 02:58:47
Q:
sob老师，在讨论反应能垒的时候需要考虑BSSE吗？如果需要的话怎么加呢？@Sobereva
A:
不需要考虑
Q:
但是审稿人说： the basis set superposition error (BSSE) should be included in the energy calculations.
有没有什么文献能够支持说不用考虑BSSE呢？求推荐
A:
不如让他说什么文章说计算能垒要考虑BSSE
审稿人一点常识都没有
3-zeta计算势垒已经足够，再想有点定量改进加上最低限度的弥散，就完了
弱相互作用（尤其是色散主导的）才要考虑BSSE
随便找点好点期刊的计算势垒的文章，都不可能提BSSE的事
J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 808–821
这篇文章专门讨论势垒计算，高引用，BSSE文中根本只字未提
Q:
哦哦，m062x/6-311+g(2d,p)这个水平足够吗？sob老师
A:
够
如果更好点建议用ma-TZVP
----------------------------------------------------
2016.06.23 03:12:17
Q:
老师，不是说aug-cc-pvtz是全电子机组么为什么算碘原子还是会提示超过机组计算范围？命令行：m062x/aug-cc-pvtz opt@Sobereva
A:
全电子基组!=覆盖全周期表的基组
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
[图片] 老师这个aug-cc-pvnz是适合相对论计算的全电子基组，计算第四周期以后的还是得使用赝势对吧？与lanl2dz连用算含有35左右原子的卤键（体系与I2分子作用）合适么
A:
带-DK的才是适合相对论计算的！
想图快，I用lanl08(d)。想图精确，I用def2TZVP
Q:
请允许我再啰嗦一次，我看到有文献写用M06-2x/aug-cc-pVTZ(-PP) 算得卤键，老师这个加（-pp）的是不是本身也含有赝势？
[图片]
A:
是
PS：aug-cc-pVnZ-PP给DFT用严重不划算
Q:
[图片]老师~为什么不划算，我还一直以为这个就是配套的赝视，和aug-cc-pVDZ配合用效果会比较好呢
A:
为什么dunning系列基组不合适看此文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.06.23 03:13:33
Q:
哪位能给个能用的google链接？
A:
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
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2016.06.23 03:35:05
Q:
请问大家使用bmk/TZVPD优化分子，发现1,3重态势能面之间有一个交叉点，但是使用CCSD(T)/TZVPP计算单点时，交叉点不存在了，在这种情况下还能否在bmk/TZVPD水平下计算交叉点处的soc值呢？
A:
不同级别下交叉点位置都是不同的。DFT只要泛函和基组合适，交叉点位置还是可靠的
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2016.06.23 04:04:08
Q:
def-TZVP基组在Gaussian中应该怎么输入呢
A:
tzvp
Q:
我是写的m062x/def2tzvp opt 可以算，这个和只写tzvp一样么 @Sobereva
A:
当然不一样
def和def2明显不是一码事
[图片]
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2016.06.23 04:57:30
Q:
老师:您好！对于相同的环，不同的配体造成了芳香性的差异，您觉得可能得原因是什么呢？您之前让我做sigma，π分解或者是用AICD研究。但是……这两个我都试过了……玩不转……，根据您的经验和理解……您觉得可能得原因是什么呢？谢谢……
A:
影响电子离域特征
其它还一大堆可以研究芳香性的指标
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2016.06.23 05:03:14
Q:
老师，黄昆因子也可以通过 S_i=(1/2)*(Q_i)^2 ？
文献好像也说可以这样计算
[图片]
A:
就按我博文计算就完了，绝对正确
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