计算化学公社

标题: 结构优化结束不合理，苯环扭曲严重 [打印本页]

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Author: Kristen0223 时间: 2023-4-24 10:31
标题: 结构优化结束不合理，苯环扭曲严重
老师们好，我最近在做苯环嵌锂的优化，就是先把锂离子放在嵌锂位点，优化结构。有时候能收敛，但是结构变的很乱，
可以在优化点中选取一个合理结构做个频率分析，没有虚频的话，然后就用这个合理的结构吗？

还有就是计算金属有机配位化合物的ESP，可以不优化，直接算单晶结构的单点，然后用vmd绘制ESP吗

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-24 11:20
用的什么计算级别呢？如果初始结构非常非常不合理，会导致优化失败，或者优化出一个仍然不合理的结构？你要把信息描述清楚，不然大家都不知道你到底在用什么，干什么

作者
Author: WaterMirror 时间: 2023-4-24 12:13
“在优化点中选取一个合理结构做个频率分析，没有虚频的话，然后就用这个合理的结构“”是造假

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-24 14:18

牧生发表于 2023-4-24 11:20
用的什么计算级别呢？如果初始结构非常非常不合理，会导致优化失败，或者优化出一个仍然不合理的结构？你要 ...

用的是m06/6-31g（d）

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-24 14:19

WaterMirror 发表于 2023-4-24 12:13
“在优化点中选取一个合理结构做个频率分析，没有虚频的话，然后就用这个合理的结构“”是造假

我是看有一个问答下面给出的这样的解决方案，不知道是造假，感谢提醒

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-24 14:22

牧生发表于 2023-4-24 11:20
用的什么计算级别呢？如果初始结构非常非常不合理，会导致优化失败，或者优化出一个仍然不合理的结构？你要 ...

结构不管怎么调整，计算结束都是歪七扭八的构型，跟最初的单晶构型差了超级多。主要是做对构型的优化，一直拿不到合理的结构

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2023-4-24 14:24
请贴出完整的输入输出文件

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-24 14:45

北大-陶豫发表于 2023-4-24 14:24
请贴出完整的输入输出文件

老师，这个结构还没有发表，是新结构，所以可能不好贴出来

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-24 20:28
没完整输入输出文件根本没法说，如果不肯提供，别人没法准确回答，有没有什么计算上的硬伤别人都无从得知。撑死了告诉你你用的关键词是否合理（前提是你把关键词给完整）

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-24 21:33

Kristen0223 发表于 2023-4-24 14:45
老师，这个结构还没有发表，是新结构，所以可能不好贴出来

“苯环嵌锂”，这个描述就很魔幻，是一个苯分子和一个Li+，还是夹心化合物，还是你的一堆结构里有个苯环和一个Li+，还是苯环挖掉了个碳原子塞进去一个Li，还是什么东西？

天马行空地搭一个结构当然是新的，建的模和想算的都未必能对的上/未必有意义，就不要问问题的时候把整个论坛的人都放在会偷你idea的道德低地上。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-25 04:11

Kristen0223 发表于 2023-4-24 07:19
我是看有一个问答下面给出的这样的解决方案，不知道是造假，感谢提醒

优化的结构可以用的条件是【结构满足收敛条件】且【无虚频】（还要再加一个确定当前计算的构象具有代表性，不过暂时不管这条）。很多帖子默认大家都知道前者，所以只讲后者。结果极个别缺乏常识的人就以为只要没有虚频就行了，不需要当前结构满足收敛条件，但这样是大错特错。

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-27 19:45
本帖最后由 Kristen0223 于 2023-4-27 19:53 编辑

Kalinite 发表于 2023-4-24 21:33
“苯环嵌锂”，这个描述就很魔幻，是一个苯分子和一个Li+，还是夹心化合物，还是你的一堆结构里有个苯环 ...

不是自己瞎想的结构，是自己合成的结构，单晶解析出来的，并没有觉得别人会偷我的idea。只是没有发表过，辛苦合成的结构确实不适合发出来，苯环嵌锂是有机锂电池嵌锂经常研究的，可以参考石墨嵌锂机理。我本来就是计算新人，不想回答可以不答，没必要这样。我从来没说别人会偷我的idea。也没有说过整个论坛怎么样，别给我安帽子，谢谢。

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-27 19:49

sobereva 发表于 2023-4-24 20:28
没完整输入输出文件根本没法说，如果不肯提供，别人没法准确回答，有没有什么计算上的硬伤别人都无从得知。 ...

好的，谢谢老师，从大家的提醒中我知道要先满足收敛条件，我可能水平太浅，差距很大，线下找老师请教吧。非常感谢

作者
Author: granvia 时间: 2023-4-27 20:17

Kalinite 发表于 2023-4-24 21:33
“苯环嵌锂”，这个描述就很魔幻，是一个苯分子和一个Li+，还是夹心化合物，还是你的一堆结构里有个苯环 ...

Metallabenzene了解下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-27 20:28

granvia 发表于 2023-4-27 13:17
Metallabenzene了解下

但那种应该叫金属杂苯环，而非苯环嵌金属。嵌锂我感觉一般指的是石墨的层和层之间插锂的那种

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-28 09:53
这个是一篇文献里的嵌锂后的结构，紫色的是锂原子，红色氧原子，灰色是C原子。我参照这个机理去优化，就会苯环特别扭曲，他们这个文献不是专门说计算的，没有给出输出输入文件。

作者
Author: Kristen0223 时间: 2023-4-28 09:54
参考这个文献嵌锂

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-12-2 17:16

Kristen0223 发表于 2023-4-28 09:53
这个是一篇文献里的嵌锂后的结构，紫色的是锂原子，红色氧原子，灰色是C原子。我参照这个机理去优化，就会 ...

哪怕是发到Nat. Comm.的文章，看到有关计算的内容也就说了用G16在B3LYP/6-311+G(d,p)做几何优化与振动分析、外加补充材料的原子坐标这么点，应该意识到没有参考价值了。

我不理解，为什么拿一个孤立的dobdc或者dobpdc分子加上一堆锂离子算一通，就能迫真论证Sn2(dobdc)和Sn2(dobpdc)固相晶体的嵌锂容量？

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