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标题: 求助讨论：Gaussian中的ONIOM方法中的截断问题 [打印本页]

作者
Author: thanks 时间: 2016-7-6 08:41
标题: 求助讨论：Gaussian中的ONIOM方法中的截断问题
我想使用Gaussian软件中的oniom算法计算蛋白-配体间相互作用。看到很多文献里面有相关的计算。我尝试过几种方法，但都失败了。想请教一下各位：如何才能正确地对蛋白配体进行分层截断。谢谢！例：把距配体4 angstrom的氨基酸残基和配体作为high层，用量子力学方法优化；把其余的氨基酸作为low层，使用分子力场方法进行优化。我采取过的方案有：
1. 把距配体4 angstrom的氨基酸残基直接放到high层。由于人为切断了具有共轭作用的肽键，优化一些圈后羰基变成了CO。

2. 把距配体4 angstrom的氨基酸残基的肽键补全后将这些原子和配体分子划分到high层。但是优化一些圈数后，high层和low层还是断开了，结构不合理。
3. 把距配体4 angstrom的氨基酸残基的肽键补全后再多加一个C将这些原子和配体分子划分到high层。但是优化一些圈数后，high层和low层还是断开了，结构不合理。
上述是我优化采取过的方案。不知道应该如何改进。是截断方法不对，还是因为方法选择问题？请各位赐教。谢谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-6 09:47
不应当会有1的情况。如果你通过gview设定的ONIOM任务，输入文件里会指定连接原子的，因此计算model部分的时候羰基碳在截断的地方会自动加上氢饱和上。
严重怀疑你没正确设定链接原子。

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