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标题: 酶催化反应qm/mm计算，qm区底物发生较大构象变化，导致qm区能量下降10千卡 [打印本页]

作者
Author: llh 时间: 2023-4-24 16:35
标题: 酶催化反应qm/mm计算，qm区底物发生较大构象变化，导致qm区能量下降10千卡
如题，我在用反应坐标驱动法做一个酶催化反应的机理研究时，在质子的转移过程中qm区的底物分子突然发生了构象翻转，导致qm区能量一下下降10多千卡，查看反应坐标是正常的。尝试重新拉点计算，结果仍是如此。新手小白不懂该往何处思考，请求大神指点。是原来构象不稳定吗？但它已经反应了一段时间。还是掉进了另一个构象空间呢？该怎么让其回到正常轨道呢？

求指点可以尝试做哪些工作，不胜感激！

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2023-4-25 12:19
也许你该思考的不是如何“回到正常轨道”，而是你的反应坐标适不适合当前待研究的体系。

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