计算化学公社

标题: DNA模拟链子跑出盒子 [打印本页]

作者
Author: Wxy1998 时间: 2023-4-25 11:21
标题: DNA模拟链子跑出盒子
请问大家这种情况如何处理，我在模拟DNA时加上了这个命令comm-grps = DNAcomm-mode = angular
后期也对轨迹进行了居中和消除平动转动的处理，但是在VMD中看到了DNA双链打开且跑出盒子外。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-26 06:21
这又不碍事
搞清楚什么叫周期边界条件

你若要DNA双链始终在盒子中央，先用trjconv处理轨迹让两条链始终在一起，然后再用trjconv处理一次让DNA的组居中

作者
Author: Wxy1998 时间: 2023-4-26 08:40

sobereva 发表于 2023-4-26 06:21
这又不碍事
搞清楚什么叫周期边界条件

好的谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)