计算化学公社

标题: ORCA计算时出现Segmentation fault (core dumped)，怎么办？ [打印本页]

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-4-25 11:24
标题: ORCA计算时出现Segmentation fault (core dumped)，怎么办？
本帖最后由 xiayu1985 于 2023-4-25 13:17 编辑

orca计算neb-ci时出现Segmentation fault (core dumped)，out文件中没有错误信息，只是停在这个地方了：
106> ****END OF INPUT****
================================================================================

--------------------------------------------------------------------------------
Nudged Elastic Band Calculation
------------------------------------------------------------
后面什么都没有。
gcc的版本：gcc (Ubuntu 9.4.0-1ubuntu1~20.04.1) 9.4.0
各位大佬，这是什么问题?

作者
Author: wjc404 时间: 2023-4-25 11:45
方便把输入文件传上来吗，或者弄一个可重复这个崩溃的小规模计算的输入文件？

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-4-25 13:19

wjc404 发表于 2023-4-25 11:45
方便把输入文件传上来吗，或者弄一个可重复这个崩溃的小规模计算的输入文件？

已经上传，不知道输入格式写的对不？但是没有提示其他错误。刚开始解除这个软件啊。感谢关注！

作者
Author: wjc404 时间: 2023-4-25 17:47
本帖最后由 wjc404 于 2023-4-25 18:11 编辑

xiayu1985 发表于 2023-4-25 13:19
已经上传，不知道输入格式写的对不？但是没有提示其他错误。刚开始解除这个软件啊。感谢关注！

这个错误可以重复出来，以下是backtrace。

Backtrace:
/home/wang/orca/liborca_tools_5_0_3.so.5(_Z16ORCA_ReadXYZFilePcR10TGeomInputRiPP7TMatrixIdEb+0x4e6)[0x152d0e5a63f6]
/home/wang/orca/orca[0x72a09e]
/home/wang/orca/orca[0x7e9be5]
/home/wang/orca/orca[0x7e92c8]
/home/wang/orca/orca[0x476cd8]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3)[0x152d0617b083]
/home/wang/orca/orca[0x476566]

复制代码

从以上backtrace可以看出是在读取final.xyz时出错。社长在http://sobereva.com/477中谈到的XYZ文件结构中，开头需要两行，第一行为总原子数，第二行为注释。我把这两行加上去后再运行ORCA，这个segfault就没有了，不过报了另一个错，说你输入文件中的几何结构第11个原子是H，但final.xyz中给的不是。需要你把反应物和产物几何结构中的原子顺序弄一致了。

作者
Author: xiayu1985 时间: 2023-4-25 22:29

wjc404 发表于 2023-4-25 17:47
这个错误可以重复出来，以下是backtrace。

感谢老师回答。请问我计算的时候为什么没有出现这些信息？如何通过这些信息判断是格式的问题？我已经调整了原子顺序，可以计算了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)