计算化学公社

标题: 求助：甲烷与水模拟，怎么利用VMD可以识别水合物的生成 [打印本页]

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-25 11:29
标题: 求助：甲烷与水模拟，怎么利用VMD可以识别水合物的生成
利用gromacs模拟甲烷与水后，通过VMD查看模拟后的轨迹文件，仅仅是甲烷与水的随机运动，怎么利用VMD可以识别水合物的生成，就是界面看到水合物的形状

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-4-25 12:06
不了解你用的VDM是啥程序，不过有个GRADE程序可以识别常规水合物

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-25 13:08
grade的原文中，识别序参数都挺好的。但是所有使用grade的后人，包括我，都无法复现相似的结果。
去b站搜水合物序参数计算编程

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-4-25 15:29

Lacrimosa 发表于 2023-4-25 12:06
不了解你用的VDM是啥程序，不过有个GRADE程序可以识别常规水合物

我上午输入错了，应该是VMD

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-5-29 19:51

Lacrimosa 发表于 2023-4-25 12:06
不了解你用的VDM是啥程序，不过有个GRADE程序可以识别常规水合物

这个程序可以在windows下运行吗

作者
Author: 牧生 时间: 2023-5-29 20:47

wuxiaofei 发表于 2023-5-29 19:51
这个程序可以在windows下运行吗

不建议用grade。我觉得输出的结果并不能复现文章中的数据和图。

作者
Author: wuxiaofei 时间: 2023-5-30 10:20

牧生发表于 2023-5-29 20:47
不建议用grade。我觉得输出的结果并不能复现文章中的数据和图。

我想先用一下，这个grade我在cmd中运行总是提示不是内部命令或外部命令，也不是可运行的程序，我想知道它怎么在windows下配置环境变量

作者
Author: 牧生 时间: 2023-5-30 11:27

wuxiaofei 发表于 2023-5-30 10:20
我想先用一下，这个grade我在cmd中运行总是提示不是内部命令或外部命令，也不是可运行的程序，我想知道它 ...

有没有一种可能，这个软件就只能在linux下使用呢？
如果要在win下使用，或许就只有靠你自己发挥了

作者
Author: chenzhe 时间: 2023-8-28 09:38

牧生发表于 2023-5-30 11:27
有没有一种可能，这个软件就只能在linux下使用呢？
如果要在win下使用，或许就只有靠你自己发挥了

win下能用，编译成win版本就行，源码本来也公开的

作者
Author: Adam-Luo 时间: 2024-2-26 17:12
麻烦想问下，有找到合适的水合物笼子的识别方法吗

作者
Author: 牧生 时间: 2024-2-26 20:31

Adam-Luo 发表于 2024-2-26 17:12
麻烦想问下，有找到合适的水合物笼子的识别方法吗

http://jerkwin.github.io/2022/09 ... 8%8B%E5%BA%8Fcagen/

https://github.com/XueerPiaoaPiao/HTR

作者
Author: Flyearth 时间: 2025-3-27 19:42

牧生发表于 2024-2-26 20:31
http://jerkwin.github.io/2022/09 ... 8%8B%E5%BA%8Fcagen/

您好，我想请教一下，李老师的那个插件可以用么，我用的时候有的时候出现闪退之后复制到别的文件夹中出现未输入指令便自动输出文件之后便闪退的情况

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