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标题: 蛋白质分子动力学模拟一段时间后跑散了 [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-4-25 11:30
标题: 蛋白质分子动力学模拟一段时间后跑散了
本人用gromacs软件运行了100纳秒的某蛋白10聚体+小分子动力学模拟，发现蛋白在前50纳秒保持初始构型，RMSD值保持稳定；而在50纳秒后有两条多肽链跑散了，蛋白RMSD变得很大；请问各位大佬造成这种现象的原因是什么呢？是否与搭建体系时的蛋白搭建有关（该蛋白的Cryo-EM解析结构为6聚体，本人在该6聚体基础上复制四条多肽链构成10聚体）？还是与采用的模拟盒子有关（本人使用的长方体模拟盒子，模拟后发现蛋白有部分跑出了盒子）？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-25 23:18
你先trjconv -pbc nojump

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-26 06:25
老生常谈的问题
仔细看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-4-27 11:36

sobereva 发表于 2023-4-26 06:25
老生常谈的问题
仔细看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

知道怎么解决了，谢谢sob大佬！

作者
Author: 大拇哥 时间: 2023-8-16 18:43
我的模拟之后也是这种情况，请问您是怎么解决的呢？

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2024-3-8 14:59

大拇哥发表于 2023-8-16 18:43
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

看sob老师的回复，跟着操作就可以了

作者
Author: hf.li 时间: 2024-3-12 09:44

jiaxing6821 发表于 2024-3-8 14:59
看sob老师的回复，跟着操作就可以了

挺好奇的，可以详细讲一下吗，脱落后你接着模拟了还是

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2024-3-14 11:21

hf.li 发表于 2024-3-12 09:44
挺好奇的，可以详细讲一下吗，脱落后你接着模拟了还是

脱落后轨迹就没法处理了，，如果脱落的话就得重新搭体系，按照sob老师的方法就不会有脱落的情况了

作者
Author: linhan 时间: 2024-10-25 16:35

jiaxing6821 发表于 2024-3-14 11:21
脱落后轨迹就没法处理了，，如果脱落的话就得重新搭体系，按照sob老师的方法就不会有脱落的情况了

你好，我不是很懂是什么方法，可以具体描述一下吗，你不是最后体系中解离了吗，最后是怎么操作的呢？

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-6 09:44
请问你的多个蛋白和小分子的复合体，跑MD，问题解决了吗？怎么设置呢，能指导一下友友么。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-6 09:44

jiaxing6821 发表于 2024-3-14 11:21
脱落后轨迹就没法处理了，，如果脱落的话就得重新搭体系，按照sob老师的方法就不会有脱落的情况了

请问SOB老师的方法是什么呀？

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-6 09:47

jiaxing6821 发表于 2024-3-8 14:59
看sob老师的回复，跟着操作就可以了

具体怎么做的呀，SOB老师只是发了判断平衡的帖子，像你这种多蛋白结构的怎么弄。

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2025-2-25 08:19

pkuchemistry 发表于 2024-12-6 09:47
具体怎么做的呀，SOB老师只是发了判断平衡的帖子，像你这种多蛋白结构的怎么弄。

不好意思，很久没登录公社了，具体就是在md.mdp文件中设置comm-grps = Protein；comm-mode = Angular，其它不变

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