计算化学公社

标题: 请问orca可以做半经验计算优化吗 [打印本页]

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ngaoo    时间: 2023-4-25 15:14
标题: 请问orca可以做半经验计算优化吗
老师好,我看的文献中提到使用 Amber Tools 里的 Antechamber 模块产生上述分子基于 AM1 半经验计算优化后的结构文件和拓扑信息文件,我想请教下可不可以用orca来做半经验计算优化,具体怎么做?
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mfdsrax2    时间: 2023-4-25 15:28
当然可以,优化关键词都是一样的,方法写AM1就行了,不需要基组
作者
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ngaoo    时间: 2023-4-25 16:17
mfdsrax2 发表于 2023-4-25 15:28
当然可以,优化关键词都是一样的,方法写AM1就行了,不需要基组

请问网站上有具体教程吗
作者
Author:
ngaoo    时间: 2023-4-25 16:21
ngaoo 发表于 2023-4-25 16:17
请问网站上有具体教程吗

再问您一下,用orca做半经验优化是可以出结构文件和top文件的吧
作者
Author:
mfdsrax2    时间: 2023-4-25 17:21
ngaoo 发表于 2023-4-25 16:17
请问网站上有具体教程吗

查ORCA手册就行,和其他优化完全一样的
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sobereva    时间: 2023-4-25 23:55
ngaoo 发表于 2023-4-25 16:21
再问您一下,用orca做半经验优化是可以出结构文件和top文件的吧

ORCA显然不会给出top文件
搞清楚各个程序是干什么的,描述的时候必须严谨、准确

单纯做半经验级别的优化,装个xtb或MOPAC,分别做GFN-xTB和PM7级别的优化,速度会更快,也明显好于AM1

作者
Author:
wzkchem5    时间: 2023-4-26 00:01
补充一句,xtb既是一个程序的名字,也是一系列半经验方法(GFN0-xTB, GFN1-xTB, GFN2-xTB)的统称。既可以用xtb程序做xtb级别的优化,也可以从ORCA调用xtb程序做xtb级别的优化,后者在过渡态搜索、AIMD(尤其是metadynamics)等方面有一定优势。正如sob老师所说,AM1已经严重过时了
作者
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ngaoo    时间: 2023-4-26 10:02
wzkchem5 发表于 2023-4-26 00:01
补充一句,xtb既是一个程序的名字,也是一系列半经验方法(GFN0-xTB, GFN1-xTB, GFN2-xTB)的统称。既可以 ...

谢谢老师
作者
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ngaoo    时间: 2023-4-26 10:02
sobereva 发表于 2023-4-25 23:55
ORCA显然不会给出top文件
搞清楚各个程序是干什么的,描述的时候必须严谨、准确

谢谢老师




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