计算化学公社

标题: 求助gromacs模拟固体与水溶液表面的冻结问题 [打印本页]

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-4-25 18:18
标题: 求助gromacs模拟固体与水溶液表面的冻结问题
在做固体与水溶液表面模拟时，冻结了固体分子来观察水分子的排布情况，可是固定的部分原子发生了移动，这是什么原因导致的呢？谢谢解答

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-25 19:29
先认真理解一下PBC

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-25 23:17
别在标题里自己写【GROMACS】这种标签，给你去了，以后注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-26 06:49
由于受力计算误差，体系整体可能逐渐发生轻微的（虚假的）平动，很正常的事
若无特殊情况，都应当用以下设置避免这种虚假的整体平动
comm-grps = system
comm-mode = linear

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2023-4-26 08:40

sobereva 发表于 2023-4-26 06:49
由于受力计算误差，体系整体可能逐渐发生轻微的（虚假的）平动，很正常的事
若无特殊情况，都应当用以下设 ...

好的，明白了，谢谢老师指导！

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