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标题: 使用ms生成的金基底吸附分子模型如何生成gromacs拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-4-26 11:00
标题: 使用ms生成的金基底吸附分子模型如何生成gromacs拓扑文件
本帖最后由 xuan12138 于 2023-4-26 11:15 编辑

使用ms生成了金的基底通过巯基吸附冠醚分子的模型，应该如何生成gromacs所需要的拓扑文件atp等，以及巯基在吸附到金表面上时巯基上的氢是否应该去掉 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ]，内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ]里，用这里的参数

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的冠醚的拓扑文件，在此基础上把金的信息加进去作为同一个moleculetype。其中与Au相关的键和键角参数可以自己用CP2K做周期性计算或者Gaussian等程序做簇模型计算（http://sobereva.com/540），通过几何优化+振动分析后产生的Hessian靠sobtop计算得到。
Au-S-C-C、Au-S-C-O二面角参数可以用Gaussian基于簇模型做扫描柔性然后自己拟合得到。

巯基的氢要去掉

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-4-27 10:08

sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ]，内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

好的谢谢老师老师那巯基少了一个氢所以整体电荷是带-1电是吗

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-4-27 10:25

sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ]，内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

老师我照着18碳环的例子用Gaussian对结构进行优化 (, 下载次数 Times of downloads: 2) ，但出现了错误这是我的报错log 文件老师看看是什么地方出了问题

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-4-27 10:27

sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ]，内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

这是第一次的报错 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-28 12:27

xuan12138 发表于 2023-4-27 10:27
这是第一次的报错

用6-311g纯属搞笑
了解点基本常识再做计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

当前体系根本不应该用wB97XD
好好看
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

写=raman作甚

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-28 12:28

xuan12138 发表于 2023-4-27 10:08
好的谢谢老师老师那巯基少了一个氢所以整体电荷是带-1电是吗

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-5-3 19:14

sobereva 发表于 2023-4-28 12:27
用6-311g纯属搞笑
了解点基本常识再做计算
谈谈量子化学中基组的选择

(, 下载次数 Times of downloads: 4) 这是修改之后的对Au添加赝势老师看看这样写正确吗，写raman是需要计算Raman光谱

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-3 19:30

xuan12138 发表于 2023-5-3 19:14
这是修改之后的对Au添加赝势老师看看这样写正确吗，写raman是需要计算Raman光谱

Au后面的莫名其妙的1去掉

4核算不动这种体系

原子名后面(PDBname...)都去掉

slab的形状莫名其妙，边缘哪能有一层Au悬着

作者
Author: xuan12138 时间: 2023-5-4 08:54

sobereva 发表于 2023-5-3 19:30
Au后面的莫名其妙的1去掉

4核算不动这种体系

明白了谢谢老师指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)