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标题: 安装cp2k8.1 + gromacs2021-qmmm openmpi 编译缺少 <libcp2k.h> 相关问题 [打印本页]

作者
Author: Yura 时间: 2023-4-26 12:51
标题: 安装cp2k8.1 + gromacs2021-qmmm openmpi 编译缺少 <libcp2k.h> 相关问题
想做qmmm，看了sob的帖子，打算安装cp2k-8.1 + gromacs2021-qmmm版本，一路折腾，遇到了很多问题，目前最大的问题是：

1. openmpi 编译cp2k-8.1时候，exe/local 文件夹下出现的是graph.ssmp（中间openmpi报错，所以加了--disable-mpi-fortran,手动安装了openmpi）
安装命令
./configure --prefix=/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.5 FC=/usr/bin/gfortran CC=/usr/local/gcc/bin/gcc CXX=/usr/local/gcc/bin/g++  --disable-mpi-fortran

./install_cp2k_toolchain.sh  --with-openmpi=system --with-scalapack=no --with-sirius=no --with-plumed=install --enable-cuda=no --with-cosma=no --with-elpa=no --with-cmake=system

3. cp2k make 时有报错，加了-no-pie
make -j 16 ARCH=local VERSION="ssmp psmp " -no-pie
make -j 16 ARCH=local VERSION="psmp " libcp2k

到这步都还正常，但是编译gromacs的时候报错，
/gromacs/gromacs-2021.1-qmmm/src/gromacs/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.h:58:10: 致命错误：libcp2k.h：没有那个文件或目录 58 | #include <libcp2k.h>    |       ^~~~~~~~~~~编译中断。make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:8130：src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp.o] 错误 1make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4244：src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] 错误 2make: *** [Makefile:163：all] 错误 2

3. gromacs2021-qmmmm （plumed patch -p 成功后）

cmake .. -DGMX_GPU=OFF -DGMX_EXTERNAL_BLAS=ON -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMXAPI=OFF -DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_CP2K=ON -DCP2K_DIR="/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/cp2k-8.1/lib/local/psmp" -DGMX_MPI=on -DCMAKE_C_COMPILER=/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.5/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.5/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/gromac_cp2k_qmmm -DFFTWF_LIBRARY="/mnt/data_6T/home/yangyy/gromacs/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8"

求问该怎么解决？
如果用官方编译好的ssmp，后面的gromacs该怎么安装？除了gromacs2021-qmmm，还有其它版本gromacs可以安装吗？之前成功编译了2019.2，但是没法识别qmmm关键词。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-26 23:53
甭用那么过时的CP2K版本。别考虑ssmp，效率比popt往往低非常多
对CP2K的正式支持是从GROMACS 2022开始的

作者
Author: Yura 时间: 2023-4-27 12:28
好的，谢谢！

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