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标题: 请问GMX培训班适合做聚合物粗粒化模拟研究的初学者吗 [打印本页]

作者
Author: johnnk 时间: 2023-4-27 21:07
标题: 请问GMX培训班适合做聚合物粗粒化模拟研究的初学者吗
学完能掌握开展课题需要的建模、模拟能力吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-28 01:07
决定用粗粒化之前应当先想清楚是否真的有必要用粗粒化。如今一万多块钱的机子用GPU加速用gromacs就能跑得飞快，粗粒化使用的必要性已经远远低于从前了。很多初学者都是道听途说粗粒化这个词，就盲目试图去用，结果成了为了粗粒化而粗粒化，而不是需要真正需要粗粒化而粗粒化。最后穷折腾半天，不仅模拟精度明显不如全原子力场、被认可度低，结果在折腾粗粒化上浪费的时间还比用全原子力场多花的时间要多，完全本末倒置。如果没有相关知识，发帖子告诉别人你的计算资源、要模拟的体系的原子数的大致规模、模拟时间长度（或者说明目要模拟什么问题，可以找篇文章作为例子当参考），内行能告诉你什么方式模拟才是得当的。

无论你用gromacs做什么研究，之前若没有任何分子模拟和gromacs背景知识的话，参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统性学习一遍都是必由之路。聚合物的模拟虽然在本培训里没有例子（后年的高级班里有专题），但学了此培训之后，借助我开发的sobtop程序（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件（网页里就有现成的产生聚合物拓扑文件的例子），再结合本论坛上一些他人的帖子的讨论，做全原子聚合物模拟就没什么障碍。

作者
Author: johnnk 时间: 2023-4-29 16:58

sobereva 发表于 2023-4-28 01:07
决定用粗粒化之前应当先想清楚是否真的有必要用粗粒化。如今一万多块钱的机子用GPU加速用gromacs就能跑得飞 ...

感谢卢老师深夜解惑。已经报名，希望能有所收获

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