计算化学公社

标题: grompp产生临时em.tpr时报致死性错误 [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-27 21:47
标题: grompp产生临时em.tpr时报致死性错误
各位前辈好，最近在开始学习跑GMX，当我执行到用grompp产生一个临时em.tpr文件，为了进行下一步的添加离子的时候，遇到了致死性报错，报错信息没有看明白具体是什么问题，因此想请教下各位前辈，这种报错是由于我的输入文件什么地方搞错导致的呀？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-28 01:25
拓扑文件没写对

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-28 09:03

sobereva 发表于 2023-4-28 01:25
拓扑文件没写对

可以麻烦请教下老师我这个拓扑这么看有什么问题吗？另外我的蛋白有loop上缺失了几个氨基酸我没有补全，这个影响大吗，因为他们不在活性中心我就没有补全

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-28 12:04

ShineZhu 发表于 2023-4-28 09:03
可以麻烦请教下老师我这个拓扑这么看有什么问题吗？另外我的蛋白有loop上缺失了几个氨基酸我没有补全，这 ...

检查ERROR提示的缺的参数在ffbonded.itp里定义没有，并且看是否和https://gromacs.bioexcel.eu/t/am ... n-in-dihedrals/5497说的情况有关

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