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标题: 求助，GROMACS电解质水溶液模拟报错 [打印本页]

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-4-28 16:11
标题: 求助，GROMACS电解质水溶液模拟报错
本帖最后由 chenchen1 于 2023-4-28 17:54 编辑

在按照模拟NH4+、NO3-、SO42- 电解质水溶液时，体系发生报错，请问各位老师是哪个步骤出了问题。
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

以下是模拟过程

拟打算参考sob老师在sobtop网站上的说法，将阴阳离子作为一对插入。 (, 下载次数 Times of downloads: 7)

在模拟过程中，构建NH4NO3和的gro文件如下
(, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 6)
运行

gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci NH4NO3.gro -o temp.gro -nmol 10
gmx insert-molecules -f temp.gro -ci NH4SO4.gro -o temp.gro -nmol 5
gmx solvate -cp temp.gro -o electrolyte.gro

复制代码

并修改top文件中[ molecules ]字段
em.mdp文件

(, 下载次数 Times of downloads: 3) em.mdp

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-29 12:51
NH4+、NO3-、SO42-都单独插入就完了。你算的是水溶液，情况和离子液体完全不同

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