计算化学公社

标题: 求助：使用cp2k对MOF在溶剂中进行几何优化时报错 [打印本页]

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Author: Alset 时间: 2023-4-28 22:00
标题: 求助：使用cp2k对MOF在溶剂中进行几何优化时报错
本帖最后由 Alset 于 2023-5-4 10:22 编辑

老师们好，
目前我打算使用cp2k软件对一种MOF（含C、H、Zr、O，晶胞大概含400个原子）以及缺陷MOF进行几何优化，并计算二者能量差，但是在几何优化阶段遇到如下问题：

我能够在真空条件（未使用溶剂模型SCCS）下对MOF与缺陷MOF进行几何优化（包括晶胞），但是一旦使用SCCS隐式模型，便出现“ KS energy is an abnormal value (NaN/Inf) ”的报错（即便不设置对晶胞进行优化）。此外，如果在溶剂中进行晶胞优化，则会出现“ WARNING in qs_sccs.F:228 :: The stress tensor for SCCS has not yet been fully validated ”的警告。

针对以上出现的情况，我有如下一些问题：

1. 考虑溶剂后优化报错的可能原因，解决方案是什么？先前在高斯中优化有机分子时也遇到了类似的问题，但通过考虑溶剂可及表面积解决了。由于MOF多孔，所以个人猜测原因很可能是类似的，那么是否在cp2k中也有类似的解决方法？

2. 由于研究猜想水很可能会参与到缺陷的形成，所以最好能在几何优化的过程中加入水。目前实践的方式是猜测合理结构，加隐式水优化。当然也可能是先在MOF中加入一定数目的水，利用MD平衡，之后保留缺陷部位的水（为降低计算量），再使用cp2k进行进一步优化。但对后面这种模式，最后优化时是否还需要加入隐式水模型？还是仅仅保留缺陷部位经MD平衡的水，不需要额外加任何水，直接使用cp2k优化得到的结果即是合理的？

4. cp2k在溶剂中进行晶胞优化时的警告是否意味着这时的晶胞优化对于软件来说并不合适？

恳请各位老师指教，谢谢！
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五月四日：

我将输入文件（由Multiwfn生成，几乎所有数值设置均为默认）以及其对应的输出文件贴在下方：
其中，输出文件出现 KS energy is an abnormal value的报错，我测试了提高ADD_MOS后的数值为500、1000、5000（默认为30），但仍然出现相同报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-29 12:36
1 CP2K使用上具体细节多得很，而且很多关键点是用户往往注意不到、手册里又不明确提、程序又不会自动恰当设置的，没具体输入文件没法说

2 没具体结构信息没法说。很多情况下隐式溶剂模型对优化结果影响甚微，算单点时候再考虑就够了。

4 晶胞优化在真空下做就够了

作者
Author: Alset 时间: 2023-5-4 10:24

sobereva 发表于 2023-4-29 12:36
1 CP2K使用上具体细节多得很，而且很多关键点是用户往往注意不到、手册里又不明确提、程序又不会自动恰当设 ...

感谢老师指点！我已按您的建议将输入文件、输出文件补充贴上，希望您有时间时能够查看一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-4 16:59
你用的Multiwfn版本太老，如今版本的默认参数早已不是这样

优化没必要带SCCS
用Multiwfn最新版本产生输入文件，算单点时候带SCCS如果还出现类似问题，参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班里讲隐式溶剂模型部分的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 12)

作者
Author: Alset 时间: 2023-5-4 18:46

sobereva 发表于 2023-5-4 16:59
你用的Multiwfn版本太老，如今版本的默认参数早已不是这样

优化没必要带SCCS

好的老师，明白了，太感谢您了！

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