计算化学公社

标题: 运行grompp时候提示原子间距离过大的错误 [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-29 15:24
标题: 运行grompp时候提示原子间距离过大的错误
想请教下大家，最近我在使用GROMACS2023做完能量最小化之后，准备运行grompp跑一个100fs的MD，但是出现以下这个错误，想请教下这个错误的来源是什么，请问修正的方法的是什么呀？谢谢
The largest distance between excluded atoms is 1.846 nm between atom 1722 and 1724

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-29 16:24
首先让我吃惊的是 100fs

第二，99.999%的概率是top不对

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-29 23:22

牧生发表于 2023-4-29 16:24
首先让我吃惊的是 100fs

第二，99.999%的概率是top不对

时间可能是我记错了，我是根据卢老师那个课中的教程中的体系来跑的自己的体系。那可以麻烦您帮忙看下我的top什么地方有错吗，由于自己刚学习很多地方细节看不出问题，麻烦您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-30 02:35
我的培训里从来没推荐用amber03力场，如今此力场根本没有任何使用价值
诸如NADP那些拓扑文件哪来的也不说

北京科音分子动力学与GROMACS培训班里明确给了完整的蛋白质-配体复合物的例子还给了详细说明，先把那个例子从头到尾完整跑一遍确搞清楚流程

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-4-30 08:53
本帖最后由 ShineZhu 于 2023-4-30 08:54 编辑

sobereva 发表于 2023-4-30 02:35
我的培训里从来没推荐用amber03力场，如今此力场根本没有任何使用价值
诸如NADP那些拓扑文件哪来的也不说
...

对的老师我知道，因为我用您给的amber14SB他会报一个二面角的错误，我没有搞定所有想先换一个力场看是不是那个错误就没有了。然后NADP的拓扑是用sobtop产生的。好的，我先去跑以下例子。我以为照着例子跑自己解析的结构应该问题的不大的。谢谢老师的解惑。

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-19 15:59

ShineZhu 发表于 2023-4-30 08:53
对的老师我知道，因为我用您给的amber14SB他会报一个二面角的错误，我没有搞定所有想先换一个力场看是不 ...

请问您的问题解决了吗？我也是遇到一样的问题

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-22 13:49

liu19950830 发表于 2023-9-19 15:59
请问您的问题解决了吗？我也是遇到一样的问题

已解决，生成拓扑不合理

作者
Author: ldx022 时间: 2023-10-21 14:29
难道问题不是因为gromacs的版本太高的原因导致的嘛。。。我的2022.6版本也有这个问题但是2019版本就没有这个问题

作者
Author: Krg-frank 时间: 2023-10-22 19:26
本帖最后由 Krg-frank 于 2023-10-22 19:27 编辑

ldx022 发表于 2023-10-21 14:29
难道问题不是因为gromacs的版本太高的原因导致的嘛。。。我的2022.6版本也有这个问题但是2019版本就没有这 ...

是的，官方文档里已经提及这个问题了
https://manual.gromacs.org/2022/ ... es-might-be-missing

作者
Author: hanlu 时间: 2023-11-3 11:13
你好，麻烦问一下你这个问题最后解决了没？

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-11-29 16:09

hanlu 发表于 2023-11-3 11:13
你好，麻烦问一下你这个问题最后解决了没？

没有

作者
Author: tianfu1899 时间: 2024-1-4 23:15

ShineZhu 发表于 2023-11-29 16:09
没有

你好，解决了吗？

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