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标题: 请问有前辈在跑gromascs的时候是使用amber14sb_parmbsc1.ff力场的吗 [打印本页]
作者
Author: ShineZhu    时间: 2023-4-30 17:54
标题: 请问有前辈在跑gromascs的时候是使用amber14sb_parmbsc1.ff力场的吗
大家好，请问有没有用GMX2023的时候是使用的是amber14sb_parmbsc1.ff这个力场呀。这个力场是不是在定义二面角的时候有问题呀，我每次使用这个力场跑grompp（添加离子前一步的grompp）的时候总是会报致死性错误。请问有前辈知道怎么处理这个错误的吗？谢谢！


然后我看到了gromacs论坛中相关的解决方法，但是amber14sb_parmbsc1.ff跟这个解决方法并不是一致，这个方法并不能帮助我解决我的这个问题。所以还是请请教有没有前辈知道怎么解决这个问题的呀？谢谢
作者
Author: Entropy.S.I    时间: 2023-4-30 18:04
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-30 18:07 编辑

我一般用amber14sb_OL15.ff而不是amber14sb_parmbsc1.ff

在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ]字段中添加：
  1. CT  CC  CV  NA       4      180.00     4.60240     2
  2. CT  CC  CW  NA       4      180.00     4.60240     2
复制代码

作者
Author: ShineZhu    时间: 2023-4-30 21:38
Entropy.S.I 发表于 2023-4-30 18:04
我一般用amber14sb_OL15.ff而不是amber14sb_parmbsc1.ff

在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ]字段中添加 ...

好的，我试试下载这个力场感谢您
作者
Author: ShineZhu    时间: 2023-4-30 22:07
Entropy.S.I 发表于 2023-4-30 18:04
我一般用amber14sb_OL15.ff而不是amber14sb_parmbsc1.ff

在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ]字段中添加 ...

请问是加在dihedraltypes部分的最后吗,谢谢
作者
Author: Entropy.S.I    时间: 2023-4-30 23:00
ShineZhu 发表于 2023-4-30 22:07
请问是加在dihedraltypes部分的最后吗,谢谢

是，不过我个人由于强迫症特意加到了improper部分
作者
Author: ShineZhu    时间: 2023-5-1 22:34
Entropy.S.I 发表于 2023-4-30 18:04
我一般用amber14sb_OL15.ff而不是amber14sb_parmbsc1.ff

在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ]字段中添加 ...

您好，我想再打扰请教下，您添加的这两行是什么意思呀？谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2023-5-2 04:42
ShineZhu 发表于 2023-5-1 22:34
您好，我想再打扰请教下，您添加的这两行是什么意思呀？谢谢

显然是补充二面角力场参数
对照着atp文件里的原子类型说明去看就知道补的参数对应于什么情况的
作者
Author: DSMelody    时间: 2023-6-13 17:48
和您预到了类似的情况，应用了amber14sb_parmbsc1.ff，
在加离子：
  1. gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
复制代码

的时候出现了如下报错：

  1. -------------------------------------------------------
  2. Program:     gmx grompp, version 2020.1-Ubuntu-2020.1-1
  3. Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 1928)

  5. Fatal error:
  6. There was 1 error in input file(s)

  8. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
  9. website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a>
  10. -------------------------------------------------------
复制代码

虽然报错内容有点不太一样，但也是按照二楼@Entropy.S.I的说明解决了





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