计算化学公社

标题: 求助，第一次跑CP2K的AIMD，我这样的输入文件有问题吗？ [打印本页]

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-5-2 14:22
标题: 求助，第一次跑CP2K的AIMD，我这样的输入文件有问题吗？
各位老师好，我想用AIMD模拟一个水与杂化钙钛矿界面的相互作用的模型。现在先做了toy system想先测试一下，toy system如图所示。

cp2k的输入文件我是用Multiwfn生成的，我上传到这里供大家检查。在运行测试之前有一些问题想问一下各位老师：

1. 对于水与杂化钙钛矿混合的系统，SCF使用OT算法更好还是对角化算法更好？
2. 这个toy system我的目标是在300K下运行。请问我是否应该先在NVE系综下将系统温度升高到300K跑到平衡态？还是直接使用NVT系统，CSVR热浴直接将系统从头加热，直至系统平衡？（这一部分因为第一次跑AIMD，许多概念不是很清楚）
3. TIMECON设置500是比较适中的选择吗。这个参数的选择和系统的大小有没有关系。因为目前的toy system是200多个原子，最后想运行的production run是在500多个原子。
4. 想看体系的能量是否收敛，应该plot .ener文件中的Pot.那一列的能量还是.out文件中的total energy能量呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-2 15:19
1 OT。

2 用NVE根本就没法控制温度。如果你是指按照300K来初始化速度，跑一阵子之后离300K肯定偏得很远。应当用NPT

3 500太大，一般用100-200
跟大小无关。

4 都看

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-5-2 15:30

sobereva 发表于 2023-5-2 15:19
1 OT。

2 用NVE根本就没法控制温度。如果你是指按照300K来初始化速度，跑一阵子之后离300K肯定偏得很远 ...

谢谢soberava老师回复，我其实是想观察水对钙钛矿分解作用的过程。所以应该是是先用NPT系综，温度设置300K，将系统跑到平衡状态之后（温度在300K波动，能量收敛），再用NVT系综，设置300K来跑production run吗？
我在文献里看到他们只写了最后跑AIMD的参数（大多数人用nose热浴，timeconstant设置15左右），所以想问一下需要怎么设置来把系统运行到平衡态更好。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-2 15:39

Weldingspock 发表于 2023-5-2 15:30
谢谢soberava老师回复，我其实是想观察水对钙钛矿分解作用的过程。所以应该是是先用NPT系综，温度设置300 ...

干嘛非要用NVT？
NOSE热浴过时了。一律用CSVR
别盲目效仿文献

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-5-2 15:55

sobereva 发表于 2023-5-2 15:39
干嘛非要用NVT？
NOSE热浴过时了。一律用CSVR
别盲目效仿文献

好的老师，我试一下NPT。文献里都用NVT我也觉得挺奇怪的……

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