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标题: 求助，蛋白-小分子体系，小分子跑出盒子 [打印本页]

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2023-5-2 22:28
标题: 求助，蛋白-小分子体系，小分子跑出盒子
请教下大家，最近做的一个水中蛋白-小分子体系的动力学，轨迹跑好之后用nojump处理了周期性边界，查看发现从400ps开始，小分子就离开结合位点了，随后就慢慢飞出去盒子了，如图。初始构象是对接软件预测的，飞出去是因为我的pbc没有处理好还是因为这个结合本身很不牢靠？谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-3 08:39
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2023-5-3 23:39

sobereva 发表于 2023-5-3 08:39
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keins ...

谢谢sob老师。

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