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标题: 求助，用gromacs做刚果红的分子动力学模拟，vmd查看时发现结构断开，请问如何解决？ [打印本页]

作者
Author: taaaaay 时间: 2023-5-3 16:45
标题: 求助，用gromacs做刚果红的分子动力学模拟，vmd查看时发现结构断开，请问如何解决？
本帖最后由 taaaaay 于 2023-5-3 16:43 编辑

各位老师好，我最近在做一个刚果红的分子动力学模拟，探究过程中构型的变化。

我用sobtop得到了gromacs所需的top文件，在能量最小化之后，进行了nvt模拟，用vmd发现整个刚果红的结构断开成3块，并且磺酸基的O原子没有显示。模拟使用的是amber03力场。
自己考虑的问题有以下这些：
1.是否是因为力场参数不适配导致结构出现问题？如果是，应该调整哪些部分（如何调整）？
2.磺酸基和偶氮是不是属于比较难处理的部分，需要手动输入力场参数？

目前接触gmx两个多月，不懂的地方还很多，希望各位老师多批评指教。万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-3 17:59
连原子电荷都没添加进sobtop产生的itp里，计算毫无意义
认真阅读sobtop教程里的文字http://sobereva.com/soft/Sobtop，这些关键要点都说得明明白白

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