计算化学公社

标题: 获得羰基分子的还原态结构问题 [打印本页]

作者
Author: ccchxy 时间: 2023-5-4 15:10
标题: 获得羰基分子的还原态结构问题
我想通过量子化学计算获得羰基分子优化后的还原态结构，反应如下图所示，我的gaussian输入结构为下图左侧的分子结构，
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
然后电荷设置为-1，自旋多重度为2，输入文件为：
#p opt freq b3lyp/6-31+g(d) em=gd3bj

test

-1 2
O                2.66850000 -0.04020000 0.04990000
C                1.40990000 -0.02120000 0.02640000
C                0.68850000 1.26510000 -0.03280000
C                -0.64840000 1.28520000 -0.05780000
C                -1.40990000 0.02120000 -0.02640000
O                -2.66850000 0.04020000 -0.04990000
C                -0.68850000 -1.26510000 0.03280000
C                0.64840000 -1.28520000 0.05780000
H                1.24260000 2.19520000 -0.05600000
H                -1.17300000 2.23150000 -0.10120000
H                -1.24260000 -2.19520000 0.05600000
H                1.17300000 -2.23150000 0.10120000

但计算过后，没有获得预计的苯环结构，六元环的结构仍然是相对的两个双键，所以我想请问我需要怎么计算能自动输出优化后的羰基分子还原态的结构呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-4 16:08
仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么还原以后仍然显示为双键是正常的

作者
Author: ccchxy 时间: 2023-5-4 16:17

wzkchem5 发表于 2023-5-4 16:08
仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么还原以后仍然显示为双键是正常的

感谢您回复！我查看了键长，假如生成右侧苯环结构的话，应该是六元环键长一致，但六元环上键长不一致，是我的计算方法有问题吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-4 16:24

ccchxy 发表于 2023-5-4 09:17
感谢您回复！我查看了键长，假如生成右侧苯环结构的话，应该是六元环键长一致，但六元环上键长不一致，是 ...

C-C键长不一致是正常现象。C6H6的C-C键键长一致，不代表其他化合物的苯环C-C键长也一致。
很多化学课本强调C6H6虽然共振式单双键交替，但是C-C键长一致，但是并没有告诉你这个结论对其他含有苯环的化合物一般是不成立的。比如你这里的还原产物，容易发现可以画出负电荷、自由基共振到苯环上的共振式，虽然这些共振式的贡献不大，但是会导致苯环上的各个C-C键不等价，因此键长也不一样

作者
Author: ccchxy 时间: 2023-5-4 16:27

wzkchem5 发表于 2023-5-4 16:24
C-C键长不一致是正常现象。C6H6的C-C键键长一致，不代表其他化合物的苯环C-C键长也一致。
很多化学课本 ...

谢谢您指导！我还有一个问题就是如果想优化下图分子的结构的话，需要怎么设置计算方法呢？需要考虑非限制性开壳层计算吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-4 16:35

ccchxy 发表于 2023-5-4 09:27
谢谢您指导！我还有一个问题就是如果想优化下图分子的结构的话，需要怎么设置计算方法呢？需要考虑非限制 ...

画一下共振式，看看主要的共振式里有没有自由基，如果没有就是不需要做非限制性开壳层计算。这个必须会自己判断。
此外我注意到你没有加溶剂模型，这个是不行的，这种双阴离子脱离溶剂可能根本不能稳定存在，会自动电离一个电子到真空里去

作者
Author: ccchxy 时间: 2023-5-4 16:44

wzkchem5 发表于 2023-5-4 16:35
画一下共振式，看看主要的共振式里有没有自由基，如果没有就是不需要做非限制性开壳层计算。这个必须会自 ...

十分感谢您的指定！我尝试一下！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)