计算化学公社

标题: Gromacs模拟计算分子振动谱需不需要基于力场乘以相应的频率校正 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-4 15:29
标题: Gromacs模拟计算分子振动谱需不需要基于力场乘以相应的频率校正
  众所周知，利用量子化学方法如Gaussian计算分子的红外光谱，需要根据泛函和基组的选择来对频率乘一个系数来进行频率校正。
  同时，分子动力学方法也可以计算模拟体系中分子的振动谱，得到强度随频率的谱图。
  想问下老师，分子动力学方法计算的振动谱图需不需要基于不同的力场，来对频率横坐标乘一个系数进行校正呢。

作者
Author: goldNAN 时间: 2023-5-4 15:53

应该不能直接校正参见文章 J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3307−3315

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-4 16:43
没有现成的系数可用。如果你有实验谱，为便于和实验谱对照的可以取一个合适的系数去凑实验

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-4 18:01

goldNAN 发表于 2023-5-4 15:53
应该不能直接校正参见文章 J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3307−3315

感谢指导，我看一看

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-4 18:04

sobereva 发表于 2023-5-4 16:43
没有现成的系数可用。如果你有实验谱，为便于和实验谱对照的可以取一个合适的系数去凑实验

(, 下载次数 Times of downloads: 22)
感谢老师，我之前算水盒子的光谱时候老是跟实验对不上，力场AMBER14OL15+TIP3P水，看了一篇文章里有说MD结果跟JCP CP两篇文章结果对照，吻合很好。我还在纠结到底是哪里出错了。看来是可以这样找个系数去凑一下来说明分子动力学方法算振动谱方法没问题。
我这样理解正确吗。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-5-4 20:44

uenh1998 发表于 2023-5-4 11:04
感谢老师，我之前算水盒子的光谱时候老是跟实验对不上，力场AMBER14OL15+TIP3P水，看了一篇文章 ...

你算出来的光谱是什么样子的？

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-5 08:21

wzkchem5 发表于 2023-5-4 20:44
你算出来的光谱是什么样子的？

(, 下载次数 Times of downloads: 21)
模型是AMBER14SBOL15的TIP3P水模型，计算方法是基于分子偶极矩自相关函数。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-5 22:23

uenh1998 发表于 2023-5-5 08:21
模型是AMBER14SBOL15的TIP3P水模型，计算方法是基于分子偶极矩自相关函数。

看文献里用的什么水模型

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-6 08:12

sobereva 发表于 2023-5-5 22:23
看文献里用的什么水模型

CHARMM36力场 SPC/E水模型

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-6 20:33

uenh1998 发表于 2023-5-6 08:12
CHARMM36力场 SPC/E水模型

弄成和文献的条件完全一样再说

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-5-7 16:16
一个最基本的问题，你先把H的键长约束放掉并且减少步长

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-11 11:22

喵星大佬发表于 2023-5-7 16:16
一个最基本的问题，你先把H的键长约束放掉并且减少步长

这个计算已经去掉了，水用DFLEXIBIE柔性水，hbonds=none 步长1飞秒

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-11 11:23

sobereva 发表于 2023-5-6 20:33
弄成和文献的条件完全一样再说

感谢老师的回复，我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱，符合较好，请问社长是水模型自身的原因，导致TIP3P模型对重现水的光谱性质较差吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 12:37

uenh1998 发表于 2023-5-11 11:23
感谢老师的回复，我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱，符合较好，请问社长是水模型自身的原因，导致T ...

如果其它因素都排出了，那就只可能是这个带来的了

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-5-11 13:58

sobereva 发表于 2023-5-11 12:37
如果其它因素都排出了，那就只可能是这个带来的了

嗯我明白了，感谢社长。顺便问下社长，TIP3P与AMBER结合良好描述蛋白的性质这个是在哪篇文章里提的。求社长分享一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-12 01:12

uenh1998 发表于 2023-5-11 13:58
嗯我明白了，感谢社长。顺便问下社长，TIP3P与AMBER结合良好描述蛋白的性质这个是在哪篇文章里提的。求社 ...

AMBER19SB原文里有测试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)