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标题: 轨迹动画主体的两条链分离且离开了盒子要如何解决 [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-4 16:34
标题: 轨迹动画主体的两条链分离且离开了盒子要如何解决
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:43 编辑

我得到的tpr、xtc文件后对其进行了-pbc whole, -pbc nojump, -pbc mol -ur compact -center, -fit rot+trans以上这些处理，但是得到的轨迹动画是两条主体链并没有居中而且离开了box，我尝试不经过上述处理来看轨迹动画，两条链会非常不稳定，一会分开一会居中，请问这种情况要如何解决呢？
因为发不了贴，在这里补充一下，换了cubic盒子后，还是出现上述情况，但我上一次的模拟跟这一次的差别仅仅是调整了配体的位置，上一次经过同样的处理就不会发生跳动，请问要如何解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-4 16:49
用矩形盒子，免得把问题复杂化
盒子似乎偏小

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-4 17:46
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-6 09:48 编辑

sobereva 发表于 2023-5-4 16:49
用矩形盒子，免得把问题复杂化
盒子似乎偏小

感谢sob老师！我尝试重新跑了一次模拟，这次换成cubic盒子，但还是出现了上述的问题

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