计算化学公社

标题: 求助gromacs模拟蛋白配体复合物时加不上电荷问题 [打印本页]

作者
Author: LY123 时间: 2023-5-4 20:02
标题: 求助gromacs模拟蛋白配体复合物时加不上电荷问题
求助：
我在使用gromacs模拟蛋白配体复合物时，在添加离子一步使用命令：gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral 后出现，No ions to add will just copy input configuration的情况，
求助原因及如何解决

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-5-4 21:24
你输入的指令是添加NA和CL直到体系为电中性，如果体系原本就是电中性，那就不会添加。可以加上-conc 0.15，意思是离子浓度为0.15 mol/L

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)