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标题: 多主体多配体体系绘制自由能形貌图应该使用哪种方法呢？ [打印本页]

作者
Author: sd6512066 时间: 2023-5-5 00:30
标题: 多主体多配体体系绘制自由能形貌图应该使用哪种方法呢？
本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-5 11:13 编辑

我的体系是两条淀粉链作为主体同时有两个配体，这种情况我想绘制自由能形貌图的话，是利用RMSD和Gyrate绘制还是利用主成分绘制FEL比较合适呢？这个时候我应该选择什么（蛋白质是backbone）进行计算和输出呢？恳请各位老师指教
特殊时期发不了帖，在这里追加一个小问题：请问各位，-center时有没有办法选择多个选项，或者多项合并成一项来选择呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-6 06:47
用什么作为坐标绘制自由能面图完全取决于你的图想表现什么

不知道你说的-center指什么，如果是比如gmx trjconv的，需要手动事先把多个组合并成一个组然后再选

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