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标题: 求助gmx周期性边界条件加电场如何解释其合理性？ [打印本页]

作者
Author: lining 时间: 2023-5-6 07:09
标题: 求助gmx周期性边界条件加电场如何解释其合理性？
本帖最后由 lining 于 2023-5-6 07:12 编辑

各位老师好，我的模拟体系是油包水乳状液，即油相中有一水滴，并施加一个沿x方向的电场，设置的周期性边界条件，审稿人认为使用周期性边界条件模拟电场环境不合理，审稿意见如下：1) GROMACS was used to carry out the MD study. However, caution should be taken when using periodic boundary conditions. Below is quoted from the GROMACS website:
"In a finite, non-periodic system with plain Coulomb interactions, the application of an electric field is straightforward and one could define a potential energy. But in most cases periodic systems are used. This is problematic, as dipoles will align with the field and build a net dipole in one periodic image. The interactions between this dipole and all its periodic images is a conditionally convergent sum. This leads to the, somewhat strange, effect that the boundary condition at infinity affects the energy of the system and the sampled conformations."
I am wondering how these problems are handled in this work.

请问周期性边界条件加电场是否合理？我该如何向审稿人解释使用周期性边界条件模拟电场环境的合理性呢？麻烦各位老师有空解答一下，感谢！

作者
Author: lining 时间: 2023-5-11 01:13
麻烦sob老师和各位老师有空给解答一下~谢谢！

作者
Author: yinlina 时间: 2024-4-3 19:23

lining 发表于 2023-5-11 01:13
麻烦sob老师和各位老师有空给解答一下~谢谢！

请问解决了吗？我也对此有疑问

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-4-3 19:37
盒子足够大确保产生偶极的分子和其镜像不会相互影响就好了吧

作者
Author: lining 时间: 2024-4-3 20:49

yinlina 发表于 2024-4-3 19:23
请问解决了吗？我也对此有疑问

4楼正解

作者
Author: yinlina 时间: 2024-4-4 13:10

Lacrimosa 发表于 2024-4-3 19:37
盒子足够大确保产生偶极的分子和其镜像不会相互影响就好了吧

我用DMOL3优化在Z轴施加了电场方向（周期性方向）的一个结构，发现能量一直在震荡，不能发生收敛，这是不是跟上层分子之间产生了相互作用呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-4-4 13:35

yinlina 发表于 2024-4-4 13:10
我用DMOL3优化在Z轴施加了电场方向（周期性方向）的一个结构，发现能量一直在震荡，不能发生收敛，这是不 ...

我对量化方面了解很少，大概帮不上你什么。如果你想验证你的想法不妨试试减小电场强度和增大z方向盒子尺寸。

作者
Author: yinlina 时间: 2024-4-9 19:47

Lacrimosa 发表于 2024-4-4 13:35
我对量化方面了解很少，大概帮不上你什么。如果你想验证你的想法不妨试试减小电场强度和增大z方向盒子尺 ...

好的，非常感谢

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