计算化学公社

标题: 求助计算核磁 [打印本页]

作者
Author: healthyworld 时间: 2016-7-10 17:00
标题: 求助计算核磁
求助各位大神，计算化学非我的本专业。

如果我有计算ECD的基础，再去学习计算NMR的操作，难掌握吗？有哪位大神能提供帮助吗？万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-10 17:04
算ECD跟NMR没有直接联系。
如果你已经会用Gaussian算ECD，算个NMR只是改个关键词的事，没什么复杂的。
G09里算核磁最好的是B972泛函，对小体系用pcSseg-2基组，对大体系用pcSseg-1基组是最佳选择（这俩基组去EMSL上拷定义）

作者
Author: healthyworld 时间: 2016-7-10 18:07

sobereva 发表于 2016-7-10 17:04
算ECD跟NMR没有直接联系。
如果你已经会用Gaussian算ECD，算个NMR只是改个关键词的事，没什么复杂的。
G0 ...

但是最后是用什么软件进行Boltzmann拟合呢？我计算ECD用的SpecDIS

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-10 20:36

healthyworld 发表于 2016-7-10 18:07
但是最后是用什么软件进行Boltzmann拟合呢？我计算ECD用的SpecDIS

不是boltzmann拟合而是boltzmann加权平均
ECD都用不着什么额外的程序，直接用multiwfn产生各个构象ECD曲线（http://sobereva.com/224），分别导出来，一起放到origin里，分别乘上玻尔兹曼分布比例，然后加和，最后绘制曲线图就完了。多构象的NMR的绘制过程也一样（但Multiwfn、gview没法给出NMR谱的曲线图来，gview只是依据Gaussian输出信息给出离散竖线图）。
但如果牵扯到构象变化速度接近或快于NMR时标的情况，事情比较麻烦，不是上述简单的叠加关系。

作者
Author: 381911577 时间: 2020-5-5 14:59

sobereva 发表于 2016-7-10 20:36
不是boltzmann拟合而是boltzmann加权平均
ECD都用不着什么额外的程序，直接用multiwfn产生各个构象ECD ...

老师，如果化合物搜索的构象特别多，我只取大于1%或者10%的进行计算。那NMR的化学位移怎么进行加权呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-6 08:52

381911577 发表于 2020-5-5 14:59
老师，如果化合物搜索的构象特别多，我只取大于1%或者10%的进行计算。那NMR的化学位移怎么进行加权呢

这事很复杂，不光看构象分布比例，还得看当前环境下构象之间变化是否足够快

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作者
Author: 381911577 时间: 2020-5-6 15:08

sobereva 发表于 2020-5-6 08:52
这事很复杂，不光看构象分布比例，还得看当前环境下构象之间变化是否足够快

老师，我直接选取了大比例的构象，加权后除以这些构象的总和。这样得到的结果也很符合，那我这种结果可以用来发文章吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-7 08:41

381911577 发表于 2020-5-6 15:08
老师，我直接选取了大比例的构象，加权后除以这些构象的总和。这样得到的结果也很符合，那我这种结果可以 ...

可以

作者
Author: starskyyy 时间: 2020-9-9 14:14

sobereva 发表于 2016-7-10 17:04
算ECD跟NMR没有直接联系。
如果你已经会用Gaussian算ECD，算个NMR只是改个关键词的事，没什么复杂的。
G0 ...

sob老师好，我是个计算小白，想计算一个化合物的NMR，您说的这个机组和方法具体怎么写在sub文件里面呢？分子需要先做构型优化吗？
谢谢大神！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-10 03:58

starskyyy 发表于 2020-9-9 14:14
sob老师好，我是个计算小白，想计算一个化合物的NMR，您说的这个机组和方法具体怎么写在sub文件里面呢？ ...

我不知道你说的sub是什么

怎么做这里写了
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354（http://bbs.keinsci.com/thread-4434-1-1.html）

在Multiwfn最新版手册4.11.10节中，也给出了计算和绘制NMR的例子，一看就会

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