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标题: 求助用理论计算解释笼内反应中底物的包裹与产物释放的问题 [打印本页]

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Author: dengyh 时间: 2023-5-10 13:19
标题: 求助用理论计算解释笼内反应中底物的包裹与产物释放的问题
各位老师好，我合成了一个基于Cu(I)的四面体笼，含有机配体，做了如下的氨化反应，实验研究发现，反应开始时底物分子在溶液中未检测到，两个反应物先是被包裹进笼内，在反应后产物被弹出笼，释放在溶液中

现在想从理论计算的角度分析
1.底物为什么可以进入笼内，是什么驱动力？预测碘苯是与Cu(I)的弱配位，苄胺是与配体中的羰基形成氢键，
2.反应后产物为什么跑出笼内，产物与笼的作用力是什么？
在这里理论计算应该怎么建模（有四面体的晶体结构），用什么方法计算（我现在知道的计算软件有Gauissan和ORCA；方法有过渡态TS，结构优化和频率计算），后续应该主要分析它们的什么结果或参数，恳请各位老师的指导，有相关博文可以推一下，谢谢大家了

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Author: 七尺贱 时间: 2023-5-10 15:10
貌似需要跑分子动力学？

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Author: dengyh 时间: 2023-5-10 15:46

七尺贱发表于 2023-5-10 15:10
貌似需要跑分子动力学？

问一下用什么软件可以跑，有原子数限制吗，有相关的博文链接吗，分享一下，谢谢

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Author: sobereva 时间: 2023-5-10 16:14
通过扩散进入/离开过程可以跑经典力场的分子动力学，GROMACS就可以，拓扑文件可借助sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生

结合状态的相互作用，可以用量子化学程序算相互作用能、能量分解，以及通过Multiwfn做非常丰富的分析阐述本质
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

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Author: dengyh 时间: 2023-5-10 18:21

sobereva 发表于 2023-5-10 16:14
通过扩散进入/离开过程可以跑经典力场的分子动力学，GROMACS就可以，拓扑文件可借助sobtop（http://soberev ...

好的，谢谢sob老师
再问一下老师您，在建立拓扑文件时是基于什么文件建立的，晶体结构吗，我的这个笼是+8电荷的，外围还有无序的阴离子被删除了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 22:00

dengyh 发表于 2023-5-10 18:21
好的，谢谢sob老师
再问一下老师您，在建立拓扑文件时是基于什么文件建立的，晶体结构吗，我的这个笼是+ ...

可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生周期性体系的拓扑文件，网页里有例子和讨论可参考。基于晶体结构

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Author: dengyh 时间: 2023-5-11 13:02

sobereva 发表于 2023-5-10 22:00
可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生周期性体系的拓扑文件，网页里有例子和讨论可参考 ...

好的，感谢sob老师，发文章多引您的文章

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Author: dengyh 时间: 2023-5-17 13:49

sobereva 发表于 2023-5-10 22:00
可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生周期性体系的拓扑文件，网页里有例子和讨论可参考 ...

sob老师好，我是第一次接触GROMACS，你有类似的这种计算研究或博文吗，谢谢老师你的指导和分享
想请教你几个问题
1.建立模型是基于晶体结构吗，是超胞形式还是单个四面体分子？
2.最初的模型是需要用其它计算软件初优化吗，与底物分子作用的结构也是初猜一个结构，然后优化，在进行动力学计算吗
3.模拟底物或产物与四面体笼的作用时，我的反应位点可能是四个顶点，那么建模时只建一个研究可以吗
4.反应是在异丙醇中，计算时也用water模型吗
5.输入文件建好后，怎么调用进行分子动力学，中间过程可以查看模拟过程吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-17 16:50

dengyh 发表于 2023-5-17 13:49
sob老师好，我是第一次接触GROMACS，你有类似的这种计算研究或博文吗，谢谢老师你的指导和分享
想请教你 ...

先把你跑的体系特征交代清楚
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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Author: dengyh 时间: 2023-5-17 19:04

sobereva 发表于 2023-5-17 16:50
先把你跑的体系特征交代清楚
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、 ...

好的，老师，我认真看一下

作者
Author: dengyh 时间: 2023-5-18 20:06

sobereva 发表于 2023-5-17 16:50
先把你跑的体系特征交代清楚
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、 ...

老师，你好，我的计算体系是含W、Cu(I)、S、C、H、O、N的四面体配合物笼晶体结构，共468个原子，结构中笼外有无序的8个PF6离子被删除，则四面体笼自身显＋8电荷，结构已在ORCA5.0.3软件上BLYP-D3／def2-SVP水平优化了，现在想用GROMACS2020.3软件进行分子动力学，计算平台为Windows10、8375C、256G双处理器，最近正在学习老师你写的《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》http://sobereva.com/635，导出所需要的itp，gro，top文件，还有你提供的参考的md.mdp文件，想研究的是两个有机底物分子在四面体笼从外到内，再到结合位点，发生反应后产物释放在笼外的过程。如果有相关的博文恳请老师你分享，谢谢
想请教你的问题是
1.预测四面体笼应该与四个底物分子结合，其中它们的化学环境基本相同，可以建一个底物分子代表研究吗
2.在跑动力学时，对于这样的体系应该建立多大的格子，需要加water模型吗，溶剂需要加吗
3.跑动力学时应该输入哪些代码，根据你上面博文中的章节4测试拓扑文件合理性进行运行吗，我看就两行代码，我看GROMACS中文教程中关于蛋白质分子的动力学计算非常多的输入代码，我应该参照怎样的步骤来操作呢，第一次用这个软件，恳求老师的指点
4.跑动力学过程中应该监测哪些指标参数，知道的是可以用VMD监测，知道可以打开gro，pdb文件，但不知道打开哪个文件，计算完后应该用哪个文件进行后绪的相互作用、能量分解研究
非常谢谢sob老师一直来在理论计算方面的帮助，祝你身体健康，万事顺利

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-20 17:18

dengyh 发表于 2023-5-18 20:06
老师，你好，我的计算体系是含W、Cu(I)、S、C、H、O、N的四面体配合物笼晶体结构，共468个原子，结构中笼 ...

1 如果底物分子之间没明显相互影响就可以

2 晶体里有没有水是你自己知道的

3 语义不明。分清楚关键词、命令、代码。自己编程序才有代码一说
强烈建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）从头系统学一遍GROMACS，否则根本没法做

4 同上，必须系统学一遍，这些东西在培训班里全都非常详细讲了

作者
Author: dengyh 时间: 2023-5-20 22:16

sobereva 发表于 2023-5-20 17:18
1 如果底物分子之间没明显相互影响就可以

2 晶体里有没有水是你自己知道的

好的，感谢老师的回复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)