计算化学公社

标题: 求助cp2k结果如何消除周期性 [打印本页]

作者
Author: 金丹老祖 时间: 2023-5-10 14:13
标题: 求助cp2k结果如何消除周期性
我使用cp2k进行了AIMD，在产生的dcd轨迹文件中，发现有部分分子离开了盒子，请教一下各位大佬如何消除其周期性？

作者
Author: 丁越 时间: 2023-5-10 15:11
本来记录的就是没有周期性的轨迹

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 15:36
别自己在标题里手写[CP2K]标签，这次给你去了，以后注意

分子离开盒子是因为默认记录轨迹时没有考虑周期性，倘若你要将之卷回盒子里需要令轨迹考虑周期性。VMD里输入pbc wrap -all可实现

作者
Author: 金丹老祖 时间: 2023-5-11 13:06
谢谢老师

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